总督权利确实很大，当又严密地分解监控，并受到诸多牵制。背后的根本原因，是皇权提防，专制制度两千年发展，日趋严密，且有着整个官僚统治阶级秩序的内在约束。
总督初立于明朝，清朝继之。本来总督是军事需要，临时派出，主管的也是军事，节制将领并对巡抚有一定约束。清朝建立后，逐渐成为一级固定的地方机构。大致上说，除东北三省，蒙古各处将军辖地，山东河南两省未设，直隶、四川省设一总督（兼巡抚），其它基本是统辖数省军政。期间虽有调整变化，但大致如此。
在中央眼里，总督与巡抚同为地方大员，封疆大吏，权力很大。但其中又有分权。
要闹事，最需要军队。皇家最在意的，加意防止的，也是军队和军权。
首先，按总督巡抚治兵的成例，有节制提督以下各级武官职权，但是，总督巡抚又是文官统兵，这也是原则。实职提督成为巡抚问鼎总督者凤毛麟角。军政仍然是两个地盘。这既控制住军队，也防止了总督巡抚坐大。
其次，“兵非将有”也是一大原则，清时军队又区分为督标、抚标和提标之类，其它各营在总兵手里。就是说，总督巡抚和各省提督，能直接掌握的兵有限。
再次，军队的粮饷控制在朝廷手里。没有报告和批示，别说员额动不了，军饷也出不了。
最大的原因，调动军队的权力最后集中到皇帝手中。类似于以前的虎符制度，不奉圣旨私自调动军队，基本就是死罪。
此外，地方机构设置上，也有牵制。比如，总督有举荐和请免武官的主要权利，却需巡抚副署（共同签字），而在文官举荐和请免上，巡抚有主要权力，总督副署。
还有，地方那些监察官员（巡抚附官，副省级的按察使，俗称臬司，其下道也有检查职权），可是有监察和举报的权力的，不管你是总督还是巡抚。
有以上种种安排，总督想闹事，恐怕也闹不起来。哪怕手里召集一支大的军队，战争结束，恐怕也是急忙解散吧。
虽然清朝时期的总督权利很大，但是中央为了防止这些官员专权，于是便直接对总督实行分权，也就是说总督之下，其实还有很多官员。对于历代的皇帝来说，最重视的也就是军队和军权了，古往今来有很多的功臣都死在了军权或者是军队上。所以，皇帝为了巩固自己的统治，不会将军权下放到官员的手中，一般都是自己牢牢的掌握。
清朝的总督如果想要造反的话，那么手里首先就要有军队或者是军权。清朝时期的总督旗下，其实还有节制提督等以下各级武官职权，总督和巡抚一般都是由文官来担任，但是旗下的武官则是都由武将担任，军政和文官之间的职责不同。因此，这样也就避免了总督权力过大，同时还控制了军队。
清朝时期的军队官职分门别类，官职有很多，即便总督的权力很大，但是仅仅只限于文官当中，而对于军队的管理权，总督的权利就很小了。而且因为军队中设立了总兵的职务，所以总督和巡抚的手中，实际兵力是很少的。
其次，如果想要造反的话，那么粮草便是最重要的了。粮草一般都掌握在朝廷的手中，如果没有皇帝的批文和告示的话，一般都是没办法拿出来的。而且军队的权力最终都掌握在皇帝的手中，同时因为地方机构的限制，所以总督的主要权利是任免和举荐官员，同时还要巡抚一起签字，而在文官和请免上，巡抚则是拥有最大的权利。
虽说总督的权利很大，但是当时的清朝为了防止官员叛变，所以都会在地方和中央设置监察司。监察司的职责就是负责监察官员，一旦官员有什么异动的话，监察司的人就会上报给朝廷。即便总督的手里有军权，但是在监察司的监督下，也不敢轻易的造反。