马丁·斯科特尔的职业生涯开始于2003/04赛季，当时他效力于斯洛伐克的特伦钦杜克拉，身穿34号球衣，那个赛季他并未取得进球，球队排名联赛第5位。接下来的赛季，他转战至英格兰，2004年加入利物浦，首次亮相便在37号球衣下出场18次，攻入1球，球队在英格兰联赛中排名第六。
2005年，斯科特尔继续在利物浦效力，表现出色，出场次数增加至26次，攻入1球，帮助球队获得了联赛第四名。然而，真正让他名声大噪的时期是在2007年，他转会至圣彼得堡泽尼特，开始在俄罗斯足球界崭露头角。在那个赛季，他身披3号球衣出场23次，贡献1球，助球队荣膺联赛冠军。
随着职业生涯的进一步发展，斯科特尔在利物浦度过了2008/09和2009/10赛季，分别出场21次和19次，尽管进球数为0，但他的稳定表现对球队至关重要。在利物浦的这段时间，他帮助球队分别获得了联赛第二和第六的好成绩。
身高1米91的斯克特尔小时候曾经面临足球和冰球的选择，最终小斯克特尔选择了绿茵场。出道于斯洛伐克的特伦辛(FC Trencin)的他在那里尝试了包括中后卫，中场甚至前锋等多个位置，最终被固定在中后卫上。2001年，他随该队青年队获得斯洛伐克青年冠军。2004年，他被圣彼得堡泽尼特足球俱乐部买入队中，并很快成为球队主力。2007年，该队自1984年以来第一次成为俄罗斯联赛冠军，而斯克特尔是整个赛季球队防线上的绝对主力和核心。在圣彼得堡泽尼特的3个赛季，他参加了113场正式比赛，有5个进球，其中有74场俄罗斯联赛。