从日本运一辆车回来的费用因运输方式和车的类型而异。如果是个人进口车，一般需要寻找代理公司运至港口，再由贸易公司代理报关。船只运输的费用大约在1.3-1.5万美元，折合人民币三万元左右。此外，还需要支付国内的报关和商检费用，其中自动许可证的价格约为一万元，而3C证的价格在300元至450元之间。
运输方式包括海运和空运。海运费用相对较低，但需要时间较长，通常需要几周甚至几个月才能到达目的地。空运费用较高，但速度更快，通常只需几天就能到达目的地。因此，选择运输方式需要根据具体情况来决定。
另外，车辆类型也会影响运费。小型车的运费相对较低，而大型SUV或卡车的运费则更高。因此，在选择运输方式时，需要根据车辆类型来确定最适合的运输方式。
需要注意的是，以上费用仅供参考，实际费用可能会因具体情况而异。在选择运输公司时，一定要仔细比较不同公司的价格和服务质量，以确保您的车辆能够安全、顺利地运回中国。