锦衣卫百户比总旗大。
锦衣卫百户的解释：
锦衣卫百户是明朝锦衣卫的官职，负责管理下属众多人员，拥有较高的地位和权力。在锦衣卫的官阶体系中，百户处于较高的层级，负责统领一定范围内的军政事务。
总旗的地位和职责：
总旗在锦衣卫中的职位低于百户，是百户下属的一个单位领导。总旗负责指挥和协调下属人员完成任务，执行百户的命令。其职责相对具体，权力范围有限。
百户与总旗的对比：
从官职和职责来看，百户作为锦衣卫的高级官员，拥有更广泛的权力和更高的地位。而总旗作为百户的下属，负责执行具体任务，其权力相对较小。因此，百户比总旗的职位更大。
综上所述，锦衣卫中的百户职位高于总旗，两者在官职和职责上存在差异。百户作为高级官员，拥有广泛的权力和更高的地位；而总旗作为下属领导，负责执行具体任务。