凌晨3点钟醒了睡不着，可能由多种因素造成，若为偶尔一次的症状，则多见于生理原因，即个人睡眠习惯，由于患者自身睡眠时间较早，晚上8-9点钟睡觉，可能导致凌晨3点钟醒来，因为此时已经达到7-8个小时的睡眠时间。其次，也有可能是白天考虑事情过多或精神紧张、压力过大等，导致凌晨3点钟就睡不着了，以上都属于正常现象。此外，还可能由病理性因素造成，常见包括早醒、抑郁症等。
1、早醒：如果频繁或一直出现凌晨3点钟醒了睡不着的情况，则考虑为病理性睡眠节律的改变，称为早醒，是睡眠障碍的一种，表现为较自身睡眠规律的苏醒时间提前醒来，且不能再入睡，多见于精神衰弱或抑郁症等疾病；
2、抑郁症：抑郁症患者的睡眠障碍主要表现为早醒，并且醒后不能再次入睡，同时可伴有显著而持久的情感低落、抑郁悲观，严重时可产生轻生想法；
3、其它：部分器质性疾病，如睡眠呼吸暂停综合征、慢性阻塞性肺疾病、冠心病、心衰、胃食管反流等疾病患者可能因窒息感、心绞痛、胃肠呕吐等不适原因早醒，需积极治疗原发病，以改善早醒症状。