诊断女性滴虫性阴道炎的主要依据是阴道炎症状，包括白带增多、中至重度瘙痒，呈黄绿色泡沫状，有异味，阴道pH值通常大于5.0。阴道粘膜充血红肿，可见小出血点，宫颈有草莓样外观，后穹窿的白带为稀薄灰黄色泡沫状。部分患者会感到性交痛和尿痛，月经期后症状通常加重。男性滴虫病主要影响前列腺和尿道，通常无症状但可导致性伴侣反复感染，也是男性非淋菌性尿道炎的原因之一，表现为尿道口瘙痒、尿痛，少量清亮分泌物。
诊断滴虫性尿道炎主要通过症状和体征，如尿道口瘙痒、烧灼痛、尿频、尿急、尿痛以及终末血尿，尿道口红肿和少量透明分泌物。实验室检查通过取尿道分泌物、前列腺液，加盐水涂片镜检可发现活动的毛滴虫。检查前需清洗和正确采集样本，样本需保暖并可能多次检查。
膀胱尿道镜检查有助于观察后尿道、膀胱颈部和三角区的充血，以及红色小乳头状隆起，附着有絮状物。当患者有慢性前列腺炎症状，常规治疗无效且配偶有滴虫性阴道炎时，需考虑滴虫性前列腺炎的可能性。此时，对前列腺液进行直接涂片或染色法检查可以提高诊断的敏感性和准确性。
毛滴虫病是一种主要通过性交传播的寄生虫疾病，具有传染性，70％的病例无症状，所以很难诊断。妇女有不适的感觉可能持续1周或几个月，然后会因月经或怀孕而明显好转，如果不予治疗，寄生虫会感染包括尿路和生殖系统。在妇女，易感染的部位包括阴道、尿道、宫颈、膀胱和其他腺体，男性可能波及尿道、前列腺、精囊及附睾。毛滴虫适宜于碱性环境，当女性使用口服避孕药，怀孕或使用一般冲洗筒时，患病率会提高，因为上述做法均能增加肌体的碱性。