如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的反应体系中分别加入普通的dNTP以及4种不同的ddNTP（比如体系1里面缺少dATP，而有ddATP,以此类推）。假设四个体系中分别加入的是ddATP, ddGTP, ddCTP和ddGTP我们就分别把这个叫做A，G，C，T体系，然后每个体系中，会在遇到相应碱基的时候停止反应，这样就产生了一系列长度不一并且分别在以A,G,C,T时终止的DNA片段，比如A体系中的DNA片段，都是以A结尾的DNA 。接着我们拿着这些片段去进行一个高分辨率的电泳（能够区分出一个碱基的差别)，然后根据电泳结果，我们就能读出序列了。
最早的测序方法就是这样，但是这种方法极其费时间，它需要首先将DNA打断成无数合适的小片段，然后再在完成测序后将其拼接起来。这就是为什么当时人类基因组计划需要那么多国家合作并且耗费那么多时间的原因。
当然，现代的第二代DNA测序技术已经普及了，它们相比第一代测序技术而言，具有低成本，高通量，短耗时等优点。如果用第二代DNA测序技术去完成人类基因组测序的话，现在最多也就耗时一个月左右。
追问用同一种限制性核算内切酶切水稻的全部的基因组DNA，是怎么进行DNA序列的测定？
追答酶切是为了片段化基因组DNA，无论是第一代还是第二代测序法，他们都不能在一个反应中完成很长的测序反应。所以需要把DNA片段化成一定长度（200－300bp左右），然后来测序的。对于以前没有完成过测序的物种，需要用不同的方式来片段化再进行测序，将几套测序结果的数据综合后，用特定的算法来拼接序列。现代第二代测序和第一代测序法最大的不同是，第一代测序法能够同时进行的测序反应数目有限，而且必须在反应完成后再进行序列读取。而二代测序法则是同时进行数百万以上的测序反应，并且边反应边测序。所以效率很高。所以酶切反应无论是一代测序法还是二代测序法，都是必要的过程。在二代测序技术普及以后，测序本身不是很耗时间的事情，耗时间的就是后期的一个序列拼接，不过这个都是由计算机来完成的，相对于一代测序法其实也不算很耗时间。