小儿消化性溃疡的鉴别诊断主要包括呕血、血便和腹痛三个方面。
呕血的鉴别要留意婴儿时期可能由新生儿自然出血症、坏血病、食管裂孔疝引起，而儿童时期则可能与紫癜、血友病、重度贫血、肝硬变（胃及食管静脉曲张）、慢性充血性脾大、脾静脉血栓形成等因素相关。异物损伤或鼻咽出血误吞也可能导致呕血。
血便的鉴别至关重要，胃及十二指肠溃疡出血通常表现为柏油样便，而大量出血则会出现红色血便。需与肠套叠、肠重复畸形、回肠远端憩室出血、肠息肉、肠伤寒、过敏性紫癜等病症进行区分。
腹痛的鉴别则要考虑可能由肠痉挛、肠寄生虫病、胆道痉挛、胆道蛔虫等引起，对于长期有规律性剑突下疼痛的儿童，钡餐松树检查是一种有用的辅助诊断手段。对于罕见的Zollinger-Ellison综合征，其症状包括间发性腹痛、呕血、便血、腹泻和脂肪泻，胃酸过多，伴有非β胰岛细胞肿瘤，需与溃疡病区别开来。该综合征患者的血液中促胃泌素水平异常升高，可作为诊断线索。
胃溃疡常发生于小婴儿，多为应激性溃疡，十二指肠溃疡多发生于年长儿。小儿时期平均发病率十二指肠溃疡较胃溃疡约多3～5倍。男孩较女孩为多，据一般统计约为2：1。据报道成人病例的21％～50％开始于儿童期。1.6％开始于4岁以前。