1496年，哥伦布之弟在海地南岸修建圣多明各城，作为统治西印度群岛的首府。西班牙殖民者以海地为基地，进而征服牙买加、波多黎各（1509年）、古巴（1512年）和整个西印度群岛，在塞维利亚设印度事务部（1511年）治理。他们“象穷凶极恶的豺狼闯进驯服的羔羊中”那样，对印第安人“滥施暴行、肆意屠杀”。①到16世纪40年代，海地岛上6多万印第安人仅剩下500人，而牙买加、波多黎各和古巴等地的几十万印第安人已被斩尽杀绝。 1519—1521年，西班牙殖民者征服了墨西哥的印第安人。墨西哥是印第安人文化的摇篮，玛雅人和阿斯特克人先后在那里创造了灿烂的文化。玛雅人是唯一有文字的印第安人，被称为“新世界的希腊人。”早在公元前1千年前，他们已培育出玉米、番茄、甘薯、南瓜、辣椒、可可、棉花和烟草，为丰富人类生活做出重大贡献。他们创制太阳历，分一年为18个月，每月20天，剩下最后5天为禁忌日，4年一闰加1天，总长365.2420日，接近现代科学的预测。阿斯特克人已经建立奴隶制国家，中心在墨西哥城（意为“战神指定的地方”），有居民8万人，是当时世界人口众多的城市之一。1519年4月，西班牙小贵族荷南·科尔蒂斯（1485—1547年），率领约600名步兵和200名印第安人，携带10门大炮、16匹战马，分乘11艘船，在墨西哥东海岸韦腊克鲁斯登陆，向阿斯特克人的国家发动进攻。国王蒙特祖马二世（1475—1520年）派人给科尔蒂斯送去大量金银珠宝，请求退兵。科尔蒂斯则极尽挑拨离间之能事，竟与许多对蒙特祖马不满的部族结成同盟，于11月进入墨西哥城。蒙特祖马不仅不抵抗，反而亲自主持盛大的欢迎式，把科尔蒂斯迎进王宫里。科尔蒂斯设计逮捕蒙特祖马，并以他的名义实行统治，勒索金银珠宝。1520年6月，印第安人奋起反抗，科尔蒂斯一伙乘夜雨仓惶出逃，被杀和落入湖里淹死者不计其数，抢来的财宝落入湖底，这就是著名的“忧伤之夜。”1521年8月，科尔蒂斯再度率兵攻入墨西哥城，变墨西哥为西班牙的殖民地，称“新西班牙。”1523—1524年，西班牙人又侵入危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜和萨尔瓦多。 1531—1533年，西班牙殖民者征服秘鲁。秘鲁是印第安人的又一个文明中心，自称为太阳后代的印加人在这里建立庞大的帝国。印加人擅长建筑，被誉为印第安人的建筑工程师。首都库斯科有金碧辉煌的太阳庙和栩栩如生的“黄金花园”。他们修建的贯通南北大的大道，被认为是人类最伟大的工程之一。1531年1月，弗朗西斯科·皮萨罗（约1475—1541年）带领180名士兵，携带2门大炮、50匹战马，分乘3艘船，离开巴拿马，在秘鲁西北沿海登陆。1532年11月，皮萨罗乘印加发生王位争端之机，占领北方重镇卡哈马卡，并巧设伏兵突然袭击，活捉国王阿塔华尔巴，杀死两千多印加人。皮萨罗向国王勒索能填满关押他的牢房（长6.71米，宽5.19米，高2.75米，约合96立方米）的黄金和大量的白银后，又背信弃义地把他杀掉。1533年11月15日，皮萨罗带兵攻入印加首都库斯科，变秘鲁为殖民地。 接着，西班牙殖民者又征服厄瓜多尔（1534年）、哥伦比亚、玻利维亚（1538年）、智利（1541年）等南美国家。到16世纪中叶，西班牙已侵占除巴西以外的中南美洲，建立庞大的殖民帝国。 16世纪初，西班牙成立直接对国王负责的印度事务委员会，主管美洲殖民地的行政、军事、财政、立法、宗教等事务。还成立贸易专署，负责西班牙与美洲的贸易。在美洲，设立新西班牙（墨西哥）、新格拉那大（哥伦比亚、委内瑞拉）、秘鲁和拉普拉塔（阿根廷）四个总督区，派总督治理。西班牙在美洲推行“监护制、（又称“监护征赋制”、“大授地制”），其内容是将大量土地和印第安人分给西班牙贵族、宠臣、冒险家和天主教会（称“监护人”）世袭占有，他们有权迫使印第安人从事建筑、开发矿藏、耕种土地、缴纳赋税和服种种劳役（给极少报酬），有权使印第安人成为基督教徒。印第安人名义上是自由人，实际上是奴隶。“监护制”最初在圣多明各推行，后来扩及到整个西属美洲。随着印第安人的灭绝，“监护制”被黑人奴隶制代替。西班牙殖民者伙同葡萄牙人，把大批非洲黑人运往美洲，迫使他们在矿井里和种植园里从事极其艰苦的劳动。据说，青壮年人在种植园里的平均劳动寿命只有7年。矿井里的劳动艰苦、劳动条件差，当矿工往往有去无还，亲人往往事先为其送葬。16世纪运到美洲的黑人为90万人，17世纪为275万人，18世纪达到高峰700万人。到19世纪70年代，共有1500万黑人被运往美洲。每贩运一个黑人到美洲，就有5人死在非洲大陆和贩运途中。这样，非洲约损人口6千万到一亿。西班牙殖民者在印第安人和黑人的白骨上积累了大量的财富。1521—1544年，他们平均每年从美洲运走黄金2900公斤、白银30700公斤。到1545—1560年，黄金增至5500公斤，白银为246000公斤。16世纪末，西班牙在美洲开采的贵金属占世界总产量的83％。
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