法律分析：骑摩托车闯红灯不会扣C1分，也不能用C1证去消分。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件文件《准驾车型及代号》可知，C1驾驶证准予驾驶的其他车型中只有C2、C3、C4，而没有包含摩托车的准驾车型代号D、E、F等，所以虽然持有C1驾驶证的，是不可以开摩托车的。如果用C1去消分，就是违反了道路交通安全法的规定，根据《道路交通安全违法行为记分分值》中的规定：“驾驶与准驾车型不符的机动车的，一次记12分。”所以是不能用C1去消分的。
法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》 第十九条 驾驶人应当按照驾驶证载明的准驾车型驾驶机动车；驾驶机动车时，应当随身携带机动车驾驶证。