明朝改革元朝军事制度，创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权，全国要地设立 卫所，军丁世代相继，给养仰赖屯田。此制在维护明朝 君主专制主义
中央集权的统治中发挥了巨大的作用。 军队的统辖与卫所制
朱元璋统一全国后，采纳刘 基建议,立军卫法，在全国建立卫所,控扼要害。中央设大都督府。洪武十三年(1380)改为五军（即中、左、右、前、后军）都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍。征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵 部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫 所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长 官。都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县（州）置卫或设所。一般卫由卫指挥使率领,辖5个千户所，共 5600人；千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人， 百户所由百户带领，辖2个总旗,共112人；总旗辖5个小 旗,共50人；小旗10人。洪武二十六年(1393),定全国都 司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
以下是明朝的军事领导制度。
以中央军事领导机关来说，起义时期，朱元璋以都元帅身份自主行
枢密院事，亲自指挥全盘军事，以后，改行枢密院为大都督府，设大都督一人，名义上是“节制中外诸军事”，其实，一切大小军政，包括军官任免、军队调遣、战役指挥、战略考虑等，都由都元帅决定，大都督府不过是主持后勤给养。军丁军户管理、考绩、马政等日常事务。大都督当然也要统军作战，但只能奉命进止，不许擅作主张。当时，朱元璋在行
中书省内设户、礼、刑、工四部，独不设吏、兵二部，正说明人事和军事大权不容假借于人。即使如此，到吴元年（公元1364年）还是对此作了部分的调整，虽然仍保留大都督府，但裁免去大都督一职不设，改设左、右都督、同知都督、副都督、佥都督若干人，均为大都督府的长官。很显然，这样做的目的是为了众设多官而分其事权。
明王朝建立后，在中书省下的六部已有兵部，这对一个统一的封建大帝国来说，是实不可少的。明初，将原来由大部督府掌管的武官任免、考绩、荫袭、军队的训练、后勤给养、军丁军户管理等军事行政工作划归兵部掌管，大都督府仅保留统率全国军队的职权。
到洪武十三年（公元1680年），在撤废中书省的同时，朱元璋也宣布彻底改组大都督府，将大都督府分设为前、后、中、左、右五军都督府。中书省和大都督府的同时大变动，是当时明王朝中央军政制度大改组的两翼，其重要意义实不相上下。当时还规定，五军都督府互不统辖，应该分别与兵部直接联系工作，而统一奏请皇帝裁定。每一个都督府内又都设有一小群都督，计有左右都督、都督同知、都督佥事、副都督等，俱为负责官员，由朝廷指定各都督府分别统率全国各都司、卫、所，不得随便变动。至仇，统军的部门便一分而为五，领导人更是由一个增加到好几十个。任何统军的都督都绝不可能率本部军兵与朝廷对抗了。
其实，任何一个都督府及其中的任何一个都督，连率领本部军兵的权力也是没有的。因为明王朝还规定：兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统军之权而无出兵之令。有
军事行动时，兵部奏请委派某一都督府某一都督率兵出战，而分调其他各都司、卫、所的兵丁归其指挥。军事行动结束，将帅即归回原都督府，兵丁归回原工所建制。这种体制显然是为了防范军权旁落，是为了对将帅们的职权有意掣时，其必然结果是，要付出大大削弱自己军事威力的代价。
明代军队的建制
明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。
都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关，辖有若干个卫和所。都指挥使司是省一级“三司”之一，设都指挥使一人，都指挥同知二人，都指挥佥事四人，还根据需要设置若干僚佐胥吏。全国各个都指挥使司分别辖属五军都督府领导。 明代的国防制度
明代镇戍制度，凡边塞，沿海及西南
少数民族地区的要害地方，平时都设重兵镇戍。而永乐以后，建都北京，三面近塞，故边防尤重。当时边防，动起
鸭绿江，西抵
嘉峪关，绵洹万里，分地守御。初设辽东，宣府，大同，延妥四镇，继设宁夏，甘肃，
蓟州三镇，又以山西镇巡统驭偏头三关，陕西镇巡统驭固原，亦称二镇，是为九边。其沿海一带，则自广东乐会接越南界五千里抵闽，又二千里抵浙，又二千里抵南直隶，又千八百里抵山东，又千二百里逾庐龙抵辽东，又千三百余里抵鸭绿江，故海防亦重。自
嘉靖中，倭寇肆掠，前后共设七镇，而守备，把总分守巡徼会哨的不下数百员。至于西南四川，云南，贵州，湖广，广西等省少数民族地区，也都扼险设镇戍守，以行对少数民族的镇压政策。计明
万历，天启间，全国共设蓟州，昌平，辽东，保定，宣府，大同，山西，延妥，宁夏，甘肃，陕西，四川，云南，贵州，广西，湖广，广东，浙江，福建，山东等二十镇。其中属东北，西北边防的共十一镇，属东南海防的共四镇，属西南少数民族地区的共五镇。因为明代建立镇戍的用意，原是为的要厚集兵力保卫国防而设的，至于对镇压内地人民，备有一般兵防便可以应付，所以腹里省分如安徽，江西，河南等省，都不设重镇。这个镇戍制度，有一个优良的功能，便是平时镇戍重兵于要害，到有事的时候，既免临时争调，得以逸待劳，而诸镇声势联络，易收应援夹击之功，复可节省兵力。明代边防，海防，远的万里，近的也数千里，而置兵不多，防戍暇整，即深得此制的功用。
明代军队的官职叙述
军队是国家政权的主要组成部分之一，因此，明初的统治者也特别注意对军队的管理和建设。朱元璋建立了卫所制度。《明史·兵志》云：“自京师达于郡县，皆立卫所”。在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。当时明朝约有军队二百万，都编置在卫所中，大抵每112人编为一个百户所，1，120人编为一个千户所，5，600人为一卫。卫所的军官称卫指挥、千户、百户。军户皆另立军籍，是世袭的。精锐的军队多驻在京师，朱元璋在南京一带设有48个卫，有军士20余万人，
朱棣在北京设72个卫。洪武二十六年(1393),共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
明代初年置行枢密院，太祖自领之。又置诸翼统军元帅府。不久，罢枢密院，改置大都督府，以
朱文正为大都督，统领中外诸军事，下设司马、参军、经历、都事等官。明代定制，大都督府、大都督为从一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，从二品；副都督，正三品，佥都督，从三品；经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。不久罢统军元帅府。洪武十三年（公元1380年），在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
在京各卫，称为京卫。京卫有上直卫，南京卫，北京卫，品秩相同。各有掌印、佥书。上直卫的亲军指挥使司有26个卫，即
锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、
羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武中置），金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、
燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐中置）、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（以上4卫，宣德八年置）。其中锦衣卫掌侍卫，缉捕，刑狱之事，常以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会，巡幸，则具卤簿仪仗，率领大汉将军（共1，507员）等侍从扈行。宿卫则分番入直。锦衣卫名为宿卫扈从，实则假侦事之权，以欺压平民及一般官员，最为专横跋扈，特异于其他各卫。 留守5卫：旧为都镇抚司，总领禁卫，先属于中书省，后改隶大都督府，设都镇抚（从四品），副镇抚（从五品），知事（从八品）。旋即改称宿卫镇抚司，设宿卫镇抚，宿卫知事。洪武三年（公元1370年）改留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右10卫。洪武八年（公元1375年），复为留守卫，与天策等8卫，俱为亲军指挥使司（惟水军左右卫为指挥使司）并隶大都督府。洪武十一（年公元1378年）改为留守中卫，增置留守左、右、前、后4卫，仍为亲军。洪武十三年（公元1380年）始分隶五都督府。
南京另有一套军职：
南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。
南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。
南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。
都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。”
卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。其属吏目1人。千户所辖百户所10个，共有百户10人（正六品），总旗20人，小旗100人。刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。
都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临洮、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。
此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。