一、会议内容不同
1、十二大
（1）审议第十一届中央委员会的报告，确定党为全面开创社会主义现代化建设新局面而奋斗的纲领。
（2）审议和通过新的《中国共产党章程》。
（3）按照新党章的规定，选举新的中央委员会、中央顾问委员会和中央纪律检查委员会。
2、十三大
报告阐述了社会主义初级阶段理论，提出了党在社会主义初级阶段“一个中心、两个基本点”的基本路线，制定了到下世纪中叶分三步走、实现现代化的发展战略，并提出了政治体制改革的任务。
十三大是党的十一届三中全会以来路线的继续、丰富和发展，实现了马克思主义中国化的新飞跃，开辟了具有中国特色的社会主义建设之路。
3、十一届三中全会
第一，重新确立了党的马克思主义的思想路线。全会坚决批判了“两个凡是”的错误方针，高度评价了关于真理标准问题的讨论，确定了解放思想、开动脑筋、实事求是、团结一致向前看的指导方针。
第二，重新确立了马克思主义的政治路线。全会果断地停止使用“以阶级斗争为纲”和“无产阶级专政下继续革命”的口号，作出把工作重点转移到社会主义现代化建设上来的战略决策，并富有远见地提出了对党和国家各个方面的工作进行改革的任务。
第三，重新确立了党的正确的组织路线。提出要健全社会主义民主和加强社会主义法制的任务，审查和解决了党的历史上一批重大冤假错案和一些重要领导人的功过是非问题，纠正了过去对彭德怀、陶铸、薄一波、杨尚昆等同志所作的错误结论。
二、会议背景不同
1、十二大
自从1976年10月粉碎江青反革命集团以来，特别是党的十一届三中全会以来，经过全党全军全国各族人民的艰苦努力，中国共产党已经在指导思想上完成了拨乱反正的艰巨任务，并且在各条战线的实际工作中取得了拨乱反正的重大胜利，实现了历史性的转折。
为了总结过去6年的历史性胜利，进一步肃清十年内乱所遗留的消极后果，全面开创社会主义现代化建设的新局面，确定继续前进的正确道路、战略步骤和方针政策，中国共产党召开了第十二次全国代表大会。
2、十三大
自从党的十一届三中全会和党的十二大以来,九年时间,我国发生了深刻的变化。在党的十一届三中全会坚持四项基本原则和坚持改革、开放的总方针的指引下，在拨乱反正的基础上，坚持以经济建设为中心，坚决而有步骤地进行全面改革和对外开放。
在经济、政治、思想、文化、国防、外交等各个领域都取得了显著的成就.其中以经济建设尤为突出.1986年同1978年相比，国民生产总值、工农业总产值、国家财政收入和城乡居民平均收入水平都大体翻了一番。
过去的九年成为建国以来经济发展最旺盛、 国力增长最迅速、人民生活得到改善最多的时期。它开辟了建国以来党的历史发展的新阶段。
党明确认识到我国正处于社会主义的初级阶段，在此基础上寻找出了一条符合中国国情的有中国特色的社会主义道路。为了继续发展这种良好的局面和深化改革,中共中央决定召开党的十三大.
3、十一届三中全会
1976年10月粉碎四人帮文革结束，但当时中共中央主要领导人提出“两个凡是”的错误方针，维护和坚持“左”的错误，使党和国家的工作出现在徘徊中前进的局面。1978年真理标准问题的讨论，重新确立党的实事求是的思想路线为党的十一届三中全会的召开奠定思想基础。
三、意义不同
1、十一届三中全会
会议彻底否定了“两个凡是”的方针，重新确立解放思想、实事求是的思想路线；停止使用“以阶级斗争为纲”的口号，作出把党和国家的工作重心转移到经济建设上来，实行改革开放的伟大决策；会议实际上形成了以邓小平为核心的党中央领导集体。
2、十二大
标志着党成功地实现了具有重大历史性意义的伟大转变。 它开始把中国带入建设有 中国特色的社会主义的新的政治轨道，并以全面开创社会主义现代化建设的新局面而永远载入史册。
3、十三大
是党的十一届三中全会以来路线的继续、丰富和发展，是符合我国国情的精辟的理论阐释。据此，报告分别提出了发展经济战略、经济体制改革、政治体制改革、改革开放中的党的建设、坚持和发展马克思主义等诸方面的基本方针。此外，报告还规定了6个方面的长远性指导方针。
参考资料来源：百度百科-十三大
参考资料来源：百度百科-十一届三中全会
参考资料来源：百度百科-十二大
十二届三中全会：改革从农村走向城市，会议一致通过了《中共中央关于经济体制改革的决定》。这个决定根据马克思主义基本原理同中国实际相结合的原则，阐明了加快以城市为重点的整个经济体制改革的必要性、紧迫性，规定了改革的方向、性质、任务和各项基本方针政策，是指导我国经济体制改革的纲领性文件。这次会议标志着改革开始由农村走向城市和整个经济领域，由此中国的经济体制改革进入了第二阶段，即改革的展开阶段”。
十三届三中全会： 为深化改革扫清道路 ，会议原则通过了《关于价格、工资改革的初步方案》和《中共中央关于加强和改进企业思想政治工作的通知》两个重要文件。为了使中国的改革开放得以深入下去，这次会议确定了治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革的指导方针，要求把今后一段时期的改革和建设的重点，突出地放到治理经济环境、整顿经济秩序上来。这次会议为进一步深化改革扫清了道路。
会议彻底否定了“两个凡是”的方针，重新确立解放思想、实事求是的思想路线；停止使用“以阶级斗争为纲”的口号，作出把党和国家的工作重心转移到经济建设上来，实行改革开放的伟大决策；会议实际上形成了以邓小平为核心的党中央领导集体。
十二大
标志着党成功地实现了具有重大历史性意义的伟大转变。 它开始把中国带入建设有 中国特色的社会主义的新的政治轨道，并以全面开创社会主义现代化建设的新局面而永远载入史册。
十三大
是党的十一届三中全会以来路线的继续、丰富和发展，是符合我国国情的精辟的理论阐释。据此，报告分别提出了发展经济战略、经济体制改革、政治体制改革、改革开放中的党的建设、坚持和发展马克思主义等诸方面的基本方针。此外，报告还规定了6个方面的长远性指导方针。本回答被提问者采纳