肠道健康时，也就是正常情况下，这些菌群在人体中，包括在肠道中处于动态的平衡状态。
误区一：拉肚子时跟抗菌素一起用
不少腹泻是肠道菌群失调所致，医生开了整肠生等益生菌调理。而一些病人自行加了氟哌酸、头孢类抗生素一起吃，服用很久还是拉肚子，还认为医生开错药了。
殊不知，抗菌药能抑制甚至杀死益生菌，合用时药效肯定不佳，故不应同服。如果病情需要使用时，两者也应间隔3小时再服用。
误区二：跟铋剂等一起用
不少消化不良的人，会将益生菌类药物和果胶铋等铋剂合用。其实，铋剂、鞣酸（如鞣酸蛋白）、药用炭（如爱西特）、酊剂（如颠茄酊）等制剂有抑制吸附活菌的作用，合用会影响到益生菌的疗效，所以最好也不要一起使用。
误区三：水太烫时泡药
部分益生菌需要用水或牛奶冲服。很多人常用开水泡好牛奶或从饮水机热水口接了开水后，立即放入整肠生颗粒。这几种方法都是不可取的。整肠生等益生菌都是冻干活菌，水温过高则部分细菌会被杀死，药效就会大打折扣。这类药物溶解时水温不宜超过40℃。所以，最好等水或牛奶晾至不感觉到烫时再冲泡药。