对于车顶自行车架的合法性，其依据在于《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十四条的规定。该条例明确指出，机动车的装载应当遵循严格的参数，包括重量、尺寸限制等。
对于客车，尽管允许使用车体外部的行李架和内置的行李箱，但装载货物的行为是受到严格限制的。特别对于车顶行李架，有明确的使用要求：装载的货物离车顶高度不得高于0.5米，离地面高度不得超过4米。因此，安装和使用车顶自行车架时，务必确保这些规定得到遵守。
值得注意的是，尽管在日常执法中，交警可能不会对每一辆车辆进行详细检查，但作为车主，我们应当有自觉性，严格遵守相关法规，确保车辆装载符合标准，以维护自身和他人的行车安全。
总结来说，车顶自行车架在法律上并非绝对禁止，但在实际操作中，其使用必须严格依据法律法规执行。