国家财政部和国税局既不是隶属关系，也不是上下级关系，是两个完全独立的部门。不过，两者都归属于国务院管辖。
国家财政部主要制定并执行国家财政政策，财政政策包括政府支出和税收收入等多个方面。国家税务部门只管理税收方面的具体问题。
国家财政部对税收问题的管辖是宏观上的管辖。
1、从宏观上拟定和执行税收的发展战略、方针政策、中长期规划、改革方案及其他有关政策。
2、提出税收立法计划，与国家税务总局共同审议上报税法和税收条例草案；根据国家预算安排，确定财政税收收入计划。
3、提出税种增减、税目税率调整、减免税和对中央财政影响较大的临时特案减免税的建议。
税务部门具体执行税务工作。
1、拟定税收法律法规草案，制定实施细则；提出国家税收政策建议并与财政部共同审议上报、制定贯彻落实的措施。
2、组织实施税收征收管理体制改革；制定征收管理制度；监督检查税收法律法规、方针政策的贯彻执行。
3、组织实施中央税、共享税、农业税及国家指定的基金(费)的征收管理。编报税收长远规划和年度税收收入计划。对税收法律法规执行过程中的征管和一般性税政问题进行解释。
4、办理进出口商品的税收及出口退税业务。
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