区别如下所示：
1、概念不同。
应用宝是腾讯应用中心专为智能手机用户打造的一个手机应用获取平台。应用商店其实是一个很通俗的说法了，其本质上是一个平台，用以展示、下载手机适用的应用软件。
2、来源不同。
应用宝是腾讯公司做的第三方软件，如需下载要去应用商店下载或是从其他地方获取，而应用商店是在手机上自带的，无需去其他地方进行下载。
3、种类不同。
应用宝现分为应用宝手机版和PC版，应用宝手机版，是腾讯应用中心专为智能手机用户倾力打造的应用获取平台。
应用宝PC版（原腾讯手机管家PC版）是腾讯推出的第三方安卓智能手机综合管理软件，其致力于为用户提供手机安全和资源管理的一站式手机管理解决方案。
应用商店目前主要有苹果系统的App store和安卓系统的应用商店，国内各大应用商店都是基于安卓系统下普通应用类的应用商店，主要有Google play、酷安、豌豆荚、小米应用商店。
参考资料来源：百度百科-应用宝
参考资料来源：百度百科-应用商店
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