简单来说，二者是包含与被包含的关系，即
限制性核酸内切酶是核酸内切酶的一种。
核酸内切酶：在核酸水解酶中，为可水解分子链内部
磷酸二酯键生成
寡核苷酸的酶，与核酸外切酶相对应。从对底物的特异性来看,可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等仅分解DNA的酶；脾脏RNase、RNaseT1等仅分解RNA的酶。如链孢霉的核酸酶就是既分解DNA又分解RNA的酶。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或
限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
限制性核酸内切酶简介：30多年前，当人们在对噬菌体（
细菌病毒）的宿主特异性的限制-修饰现象进行研究时，首次发现了限制性内切酶。细菌可以抵御新病毒的入侵，而这种"限制"病毒生存的办法则可归功于细胞内部可摧毁外源DNA的限制性内切酶。首批被发现的限制性内切酶包括来源于大肠杆菌的EcoR
I和EcoR
II，以及来源于Heamophilus
influenzae的Hind
II和Hind
III。这些酶可在特定位点切开DNA，将基因切割成小的基因片段。当限制性内切酶的应用在上世纪七十年代流传开来的时候，以NEB为代表的许多公司开始寻找更多的限制性内切酶。除了某些病毒以外，限制性内切酶只在
原核生物中被发现。
核酸外切酶：
核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。其水解的最终产物是单个的核苷酸（DNA为dNTP,RNA为NTP）。按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。核酸外切酶的作用：从核酸链的一端逐个水解下核苷酸。限制性核酸内切酶的作用：识别特定的核苷酸序列，并在
DNA分子内部的一定位点切割DNA
。