建始县农村经济管理局的机构设置主要包括以下几个部分：
首先，办公室负责日常事务管理，包括行政工作、机要保密、档案管理，以及对农民专业合作社的指导。这个部门的核心职责在于确保机关的正常运行和相关政策的落实。
其次，农民负担监督管理股（行政审批股）负责宣传和执行农民负担的法律法规，研究并实施减轻农民负担的政策。该股室负责监控全县农民负担政策的执行情况，同时协同相关部门对涉及农民负担的案件进行调查和处理，处理农民的投诉和咨询。
接下来是农村财务及土地承包合同管理股，主要职责是依法管理农村承包合同，指导合同签订、鉴证、变更等环节，并处理相关纠纷。此外，股室还负责农村集体经济组织的财务管理工作，确保农村集体资产的合理使用，维护农村集体成员的权益。他们致力于完善农村财务制度，并进行必要的审计工作。
最后，农村经济审计站（二级单位直属）承担着对全县农村经济组织的资金、资产和资源进行全面审计的任务，对涉农收费单位的收费情况进行监督，并组织对农村集体资产和资源的评估。这个部门的审计工作对于维护农村经济秩序和透明度至关重要。