小黑点：不随细胞生长而繁殖，可能是磷酸钙沉淀，反之，可能是黑焦虫，镜下会动，会影响细胞生长或重组细胞蛋白表达。
贴壁的黑色碎片可能是细胞裂解碎片。
霉菌污染：贴壁培养有丝状白色，严重的的霉斑，絮状，如果在发酵罐，白色的小球，像碾碎的泡沫塑料。
大肠细胞絮状结团漂浮，培养液浑浊
链球菌：圆形，亮点，三三两两连接
细胞中如果污染细菌，最常见的有革兰阳性菌，如枯草杆菌。以及大肠杆菌、假单孢菌等革兰阴性菌，其中又以白色葡萄球菌较常见。培养细胞受细菌污染后，会很快出现培养液变混浊，pH改变。也有少数培养液肉眼观察无多少改变，只能在镜下发现菌体才知污染。所以，每天应仔细观察。污染后细胞发生病理改变，胞内颗粒增多、增粗，最后变圆脱落死亡，造成试验失败和细胞株(系)丢失。
判断污染的方法：如果是细菌污染，应该很快培基就浑浊了。如果是真菌感染，特别是初期感染，在低倍镜下可以看到小黑点，特别是成团的小黑点，要特别注意。如果无法确定，就换高倍镜，如果是死细胞，高倍镜下就可以分辨，而真菌高倍镜下仍然是小黑点。有些（比如支原体）污染，镜检是看不到的，但是细胞的生长异常。