国家民委的科研项目采用招标和委托相结合的方式，并实行项目主持人负责制。每年12月底，管理办公室会在国家民委网站发布下一年度的课题指南，接受在规定期限内的项目申报。特殊情况下的应急项目也可通过委托方式立项。
项目主持人需满足以下条件：是中国公民，遵守相关法律；一般需为高校或科研院所的在职职工，聘用人员需有正式协议且在岗时间不少于1年；年龄一般不超过60岁，鼓励青年学者（40岁以下）参与；自筹经费项目需有出资单位或个人的有效资助证明。
申报者需填写《国家民委课题申请表》并提交相关材料，经所在单位审查后提交管理办公室。申报资格会根据材料真实、无学术违规以及主持人未在研项目等情况进行审核。管理办公室组织专家评审，项目立项需三分之二以上专家同意，公示无异议后，由分管领导审批并发布立项公告。
立项评审主要评估项目的科学性、合理性、创新性、可行性、主持人和团队能力、科研基础以及预算合理性。评审过程中，相关人员需严格遵守评审纪律。
立项成功的项目，管理办公室会发放《国家民委科研项目立项通知书》，立项时间以此为准。主持人需在规定期限内签署《国家民委科研项目协议书》并寄回，逾期未签则视为放弃项目。
2012年12月7日，中华人民共和国国家民族事务委员会令第2号公布《国家民委科研项目管理办法》。该《办法》分总则、申请与立项、进度管理与结项、经费管理、成果应用、附则6章37条，自2013年1月1日起施行。