人工耳蜗的手术主要是将人工耳蜗内植部件植入耳后的颅骨皮下，将电极组插入耳蜗内。人工耳蜗的手术大小和手术范围与中耳乳突根治术相当，不存在危险。
当然人工耳蜗手术也存在其他手术一样的麻醉风险、伤口感染及疤痕形成等可能并发症，以及其他耳科手术可能出现的耳部麻痹、味觉障碍、耳鸣、眩晕，甚至面神经损伤等风险。
正常情况下，并发症发生的可能性很小，即使出现，也很轻微，通常都是暂时性的，会随着手术伤口的愈合而消失。
只要是做了人工耳蜗以后就不可能在佩戴助听器。
除去麻醉导致的风险之外，人工耳蜗植入的风险与其他耳鼻喉科常见中耳手术并无差异。从理论上来讲，手术中有一定的风险可能损伤面神经。但如果解剖结构正常，手术医师经验丰富，那么这种风险将会很低。如果患者耳蜗严重畸形（如：共同腔畸形）同时合并内听道底骨质缺损，则有可能发生脑脊液漏。另外术后可能出现的风险是耳鸣和发生眩晕。
此外要防止人工耳蜗手术的并发症
1.术后伤口不愈合或血肿形成。
2.面瘫，发生率约为2%。大多为一过性，可以保守治疗。
3.非听性刺激，包括面神经刺激、疼痛、前庭棘神经反射等。
4.电极脱位，常发生于乳突根治术腔，需要再次手术植入。因此要注意术中电极的固定。
5.植入体发生故障，需要更换。
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