机关事业单位在下属单位报销费用违反规定分为3种情况来分析：
1、是在下属单位报销个人费用。
按照《
中国共产党纪律处分条例》第72条、《
行政公务员处分条例》第23条和《
事业单位工作人员处分暂行规定》第18条的规定，在下属单位报销个人费用这种行为，是违反廉洁自律的行为，是明显违纪违规的。
2、是上级单位在下属单位报销单位的正常费用。
如上级单位在下属单位报销
办公费、培训费等。虽然这种行为不合理，但在党政纪条规中没有明确规定，按照“法无明文规定即自由”原则，实践中不宜作为违纪违规行为来处理，但如果发现这种情况，纪检监察机关应责令其改正，并退还相关费用。
3、是上级单位在下属单位报销单位的不正常费用。
如上级单位将走访送礼、福利开支等不好报销的费用放在下属单位报销。这种变相转嫁不合理费用让下属单位承担的行为，党政纪条规中也无明确规定，但实践中如果不按照违纪违规行为来处理，显然不能起到维持正常财经秩序的作用，也不利于良好风气的形成。
上级单位在下属单位报销单位的不正常费用，是违反规定变相使用下属单位
财政资金的行为，按照《
财政违法行为处罚处分条例》第六条之规定：
1、国家机关及其工作人员有下列违反规定使用、骗取财政资金的行为之一的，
责令改正，调整有关会计账目，追回有关财政资金，限期退还违法所得。
2、对单位给予警告或者
通报批评。
3、对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过处分；情节较重的，给予降级或者撤职处分；情节严重的，给予开除处分：
(一)以虚报、冒领等手段骗取财政资金；
(二)截留、挪用财政资金；
(三)滞留应当下拨的财政资金；
(四)违反规定扩大开支范围，提高开支标准；
(五)其他违反规定使用、骗取财政资金的行为，既然“滞留应当下拨的财政资金”的行为都属于违规行为，那么显然主观恶性更大的将不合理费用放在下属单位报销的行为也应属于违规行为。