电子内窥镜作为现代医疗检查的重要工具，其主要结构可以分为几个关键部分。首先，内镜（endoscopy）是核心组件，它是一个细长的器械，其前端装备有微型图像传感器，如CCD，类似于微型摄像机，能捕捉到内部组织的图像。
电视信息系统中心（video information system center）负责图像的传输和处理。CCD耦合腔镜作为信号采集部分，它将光能转换为电能，通过图像处理器进行处理，将低清晰度的图像提升至高分辨率并呈现于电视监视器（television monitor）上。监视器是显示图像的终端设备，医生通过它观察内部情况。
辅助设备如腔内冷光照明系统（LED光源）用于照亮检查或手术部位，确保光线充足。视频处理系统则负责优化和处理图像信号，保证图像质量。显示打印系统则能将采集的图像记录和保存，便于后续分析和研究。
电子内窥镜的信号传输部分包括图像传输和处理的内部结构。冷光源照明后，物镜将图像聚焦在CCD光敏面上，再通过电缆传输至视频处理器，进行进一步的信号处理和显示。CCD性能、驱动电路和后处理系统的技术指标，如分辨率、灵敏度等，对图像质量有着决定性影响。
最后，照亮主体的光源、引导光的管道以及能捕捉反射光的镜头或光纤系统，共同构成内窥镜的照明和信号采集部分，确保在操作过程中能清晰地观察到内部组织。
电子内窥镜，1983年开始应用于临床，是由内镜、电子摄像装置、电视监示器3个部分组成。电子内窥镜的内镜部分与纤维内窥镜形状相似，但它无光导纤维，而是微电子摄像系统。