切格瓦拉双手被砍是为了向外界证明切格瓦拉确实已经死亡——当局将格瓦拉的手砍下来放在福尔马林溶液里保存作为证据，此外还将格瓦拉随身携带的一些物品和日记也都保留了下来。在经过几名专家鉴定后证明了死亡的确实是切格瓦拉。
处置：玻利维亚政府担心夜长梦多，决定将格瓦拉从速处决。枪杀的命令是总统巴里恩托斯亲自下达的，由驻在那所学校的军人执行。
玻利维亚全国已取消死刑，而且玻利维亚军队也怕担上处决俘虏的恶名，因此授意刽子手在行刑时把格瓦拉带出来，然后迎面用冲锋枪向他扫射，之后拍照对外公布说格瓦拉是阵亡。
但处死格瓦拉后，玻利维亚独裁政权却发现自己不得不面临一个新的难题，即如何让其他的起义者和整个世界相信被击毙的那个人确实是格瓦拉本人，而不是玻利维亚政府为了掩人耳目找了个人来代替。
质疑：格瓦拉的家人首先对格瓦拉被处死的消息表示了怀疑，紧接着格瓦拉的游击队以及他在古巴的战友卡斯特罗也都表示自己不相信这个消息。玻利维亚政府起初想把格瓦拉的头割下来送往古巴，但这一想法遭到了美国中央情报局的坚决反对，后者担心这样做会招致古巴政府对美敌意的进一步上升。
最后，玻利维亚当局决定将格瓦拉的手砍下来放在福尔马林溶液里保存作为证据，此外还将格瓦拉随身携带的一些物品和日记也都保留了下来。
三名阿根廷专家在接手后立即对保留下来的这些东西进行鉴别和验证。指纹学专家贝里卡利和德尔卡多负责对断手进行指纹验证，笔迹学专家罗尔哈乌扎尔则对格瓦拉的日记进行笔迹分析。
由于格瓦拉一直生活在山区，指纹受到了很大的磨损，两名专家最后采取了非常复杂的方法才得以对指纹进行拍照和验证，并最终确认这确实是格瓦拉的手。对日记本进行笔迹鉴定的罗尔哈乌扎尔也得出了同样的结论。
三名专家得出的结论基本平息了外界的怀疑，就连古巴国内也都相信他们的英雄离开了人世。格瓦拉被枪决后，尸体被摆放在一块破木板上向人展示。在场的一位记者写道：他就这样死了。当他们把防腐剂注入他半裸的脏兮兮的遗体，人群叫嚷着要看上一眼时，难以想像这个人曾是拉美了不起的人物之一。