1、起源不同
韩语：朝鲜王国的世宗大王于1443年（世宗25年）12月创建训民正音（即朝鲜谚文），在全国广泛发布是1446年（世宗28年），在标记韩语方面有着独创性和科学性。
字母和音素上有着很强的关联性。如字母“ㄴ”表示舌头接触口腔上壁。字母“ㄷ"和字母”ㄴ“都是舌音，但发音更强，所以在”ㄴ“上面加画构成字母“ㄷ"。其他字母‘ㄱ ．ㅋ’, ‘ㅁ ．ㅂ ．ㅍ’, ‘ㅅ ．ㅈ’, ‘ㅇ ．ㆆ ．ㅎ’ 也是根据这样的语音原理创制。
虽然朝鲜国创建了自己的文字系统，但是在朝鲜国的统治阶层两班中仍然偏好使用汉字。训民正音的表音字母系统一直到20世纪才开始大量使用。
日语：日语的起源一直是争论不休的问题。明治时代的日本人把日语划为阿尔泰语系，但阿尔泰语系这个说法已经普遍遭到否定，霍默·赫尔伯特（Homer Hulbert）和大野晋（Ōno Susumu）认为日语属于达罗毗荼语系，
西田龙雄（Nishida Tatsuo）认为日语属于汉藏语系，白桂思（Christopher I. Beckwith）认为日语属于日本-高句丽语系（即扶余语系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）认为日本语和琉球语可以组成日本语系。
有一种假设认为南岛语系、壮侗语系和日本语系可以组成南岛-台语门（Austro-Tai languages），即认为三者都有共同的起源。
2、语法不同
韩语：语法结构是主宾谓（SOV）结构，不同于汉语的主谓宾（SVO）（实际上汉语兼具主谓宾、主宾谓以及宾主谓三种结构。如“把”字句可视为主宾谓结构，“被”字句可视为宾主谓结构）。
日语：按语言结构特点分类，日本语属于黏着语。SOV语序。在语言表达上分为简体和敬体，另外有发达的敬语体系。作为一种基本的结构，典型的日本句子的句式是主语－宾语－谓语。
在日语中，不像在英语中，词序并不能表明名词在一个句子中的语法作用。名词并不象有些语言中那样，会因语法需要加以变化。代之，语法作用是通过名词后面的虚词来表示的。
重要的是が（ga）， は（ha），助词读做Wa），を（o），に（ni）和 の（no）。虚词は（作助词时读作wa）特别重要，因为它标志着一个句子的话题或主题。
日语中的动词变格不能反映出人称和单复数。在现代语中，所有动词在现代日语字典中的形式都是以一部分U段假名结尾（う、く、ぐ、す、む、つ、ぬ、ぶ、る）。
这样，动词“食べる”（taberu）就像英语中"吃"的动词原形“eat”，尽管它本身实际上是一般现在时，意思是“eat（吃的动词原形）/ eats（吃的第三人称单数）”或者“will eat”（将吃，吃的将来时）。其它的一些变格形式是“食べない”。
3、使用范围不同
韩语：韩语是朝鲜半岛的原生语言，使用人数7700万，韩语属于孤立语系，历史上曾用汉字标记，并且融入汉语词汇，1443年世宗大王创造出与韩语高度吻合的韩语字母。
据联合国《2005年世界主要语种、分布、应用力与影响力调查》。全球约8000万人使用。但是拼音化导致的同音词分辨困难亦是朝鲜谚文专用下语言文字应用的难点。
日语：日语的使用范围包括日本国全境（琉球地区大部分使用，有原住民使用琉球语，日本不承认琉球语为独立语言）。
日语在世界范围使用广泛，因为日本动漫产业在世界范围内的影响力，虽不是联合国工作语言，在世界上影响力也很大。特别是对于与ACG相关的物什，日语几乎是唯一的用语。
日语主要在俄罗斯，东亚，东南亚，南亚，大洋洲，美国，加拿大，墨西哥，南美洲等国家和地区，及欧洲的英国为少数的重要语言。
参考资料来源：百度百科-韩语
参考资料来源：百度百科-日语
同样有词性分类清楚，且用言活用形变化清楚，有本族词，汉语词，外来语词，自创词，数字使用非常复杂，拉尔阿勒泰语系，主宾谓结构，时态非常清楚。自动词、他动词分别清楚，粘着语，每一个文法含义清楚，多定语句，多长句，多被动句。有系统的敬语体系。以上便是日语和韩语的共同点。
当然韩语和日语相比，也是有区别的。例如，在现代韩国语中，汉字只要可能，就不使用，一般来说，普通的书刊，杂志等出版物，都没有汉字的踪影了。而且韩国人的识字能力同中国人与日本人相比，简直不能相提并论。
其它方面，韩语的语法和日语相当，也是粘着语，语序是语宾谓。也有发达的敬语，但是没有男女用语差别。方言不如汉语和日语明显，全国几乎可以通行比较标准的韩国语。因为罕用汉字，所以汉字的读音方面也没有音读和训读的区别。
韩国语较日语少了一个形容动词。
发音方面，韩语方面比日语多了一个收音，且发音规则较多，但是韩国语没有音调。
韩语是由李氏朝鲜第4代世宗大王发明的发音式语言系统，被称为“训民正音”。发展到现今，形成了由19个子音和21个母音组成的完整语音体系(我把复合音也算进去了)。所以单看韩国语的书写构造，是不具有汉字的任何特征的。而韩语里面出现的汉字则是传统的古汉字(繁体汉字)，本来韩语是用汉字书写，韩国语朗读，后来脱离了日本的殖民统治之后，韩国为了强调自强的意思，开始大力推行韩语，大量减少汉字的使用。如今只要求掌握最基本的一千零八十个汉字了(高中汉字课必学，另外有国家级别的汉字能力考试)。
而日语属于黏着语、通过在词语上粘贴语法成分来构成句子，称为活用，其间的结合并不紧密、不改变原来词汇的含义只表语法功能。日语由平假名、片假名以及汉字三种共同组成了其书写系统。因此我们第一次看到日语，总感觉是汉字和汉字的偏旁部首组合起来的一样。
个人在学习的时候感受到，韩语和日语最大的差别就是韩语有“收音(받침)”，日语是没有收音的。
--------------------------------------------------------
韩语和日语的联系：
在韩语里面汉字词占了很大的比重。这些汉字词除了来自古汉语以外，还有相当大的一部分是在日本殖民期间从日本语中吸收来的，这些词汇大多数用来表达现代事物或概念，比如“(自动车)”“(民主)”
在吸收日本语的汉字词的时候，韩语完全按照其一贯的汉字音来读，所以像“とりけし(取消)”、“わりびき(割引)”、“にもつ (荷物)”这样有训读的汉字词也一概的用韩语的汉字音来读“ 取消: (ch'wi so)”、“割引: (hal in)”、“荷物: (ha mul)”本回答被网友采纳
1）日语的元音比韩国语少很多，并且发音与汉语类似。
2）日语辅音没有紧音，韩语有5个紧音。
3）日语有促音，韩语没有。
4）日语没有入音（音节末尾的收音），韩语有。
5）日语是音节文字，字母连读不产生音变（？这个不太确信，希望日语专业人士纠正）
韩语是字母文字，连读时前一个音节的元音或入音可能与后一个音节的辅音或零辅音互相影响，发生同化的音变现象。
一下是开玩笑了，我的两个分辨日语和韩语的绝招
6）完全听得懂的是韩语，听不太懂的是日语
7）韩语句子结尾听到‘腰’或者‘思慕尼达’的很多。
日语句子结尾听到‘妈思’的很多。