从有机化合物的质谱图中可以看到许多离子峰，这些峰的m/z和相对强度取决于分子结构，并与仪器类型，实验条件有关。质谱中主要的离子峰有分子离子峰、碎片离子峰、同位素离子峰、重排离子峰及亚稳离子峰等。正是这些离子峰给出了丰富的质谱信息，为质谱分析法提供依据。下面对这些离子峰进行简要介绍。分子离子峰，分子受电子束轰击后失去一个电子而生成的离子M称为分子离子，例如:M+e→M + 2e。
在质谱图中由M所形成的峰称为分子离子峰。因此，分子离子峰的m/z值就是中性分子的相对分子质量Mr，而Mr是有机化合物的重要质谱数据。分子离子峰的强弱，随化合物结构不同而异，其强弱一般为:芳环>醚>酯>胺>酸>醇>高分子烃。分子离子峰的强弱可以为推测化合物的类型提供参考信息。碎片离子峰，当电子轰击的能量超过分子离子电离所需要的能量时(约为50~70eV)，可能使分子离子的化学键进一步断裂，产生质量数较低的碎片，称为碎片离子。在质谱图上出现相应的峰，称为碎片离子峰。碎片离子峰在质谱图上位于分子离子峰的左侧。同位素离子峰，在组成有机化合物的常见十几种元素中，有几种元素具有天然同位素,如C,H,N,O,S,Cl,Br等。所以，在质谱图中除了最轻同位素组成的分子离子所形成的M峰外，还会出现一个或多个重同位素组成的分子离子峰，如(M+1)、(M+2)、(M+3)等，这种离子峰叫做同位素离子峰。对应的m/z为M+1、M+2、M+3表示。人们通常把某元素的同位素占该元素的原子质量分数称为同位素丰度。同位素峰的强度与同位素的丰度是相对应的，下表列出了有机化合物中元素的同位素丰度及峰类型。由下表可见，S、Cl、Br等元素的同位素丰度高，因此，含S、C、Br等元素的同位素其M+2峰强度较大。一般根据M和M+2两个峰的强度来判断化合物中是否含有这些元素。
有机质谱仪由于应用特点不同又分为：气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）在这类仪器中，由于质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极质谱仪，气相色谱-飞行时间质谱仪，气相色谱-离子阱质谱仪等。液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）同样，有液相色谱-四器极质谱仪，液相色谱-离子阱质谱仪，液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。其他有机质谱仪，主要有：基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS），傅立叶变换质谱仪（FT-MS）[编辑]无机质谱仪火花源双聚焦质谱仪。电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）。二次离子质谱仪（SIMS）但以上的分类并不十分严谨。因为有些仪器带有不同附件，具有不同功能。例如，一台气相色谱-双聚焦质谱仪，如果改用快原子轰击电离源，就不再是气相色谱-质谱联用仪，而称为快原子轰击质谱仪（FAB MS）。另外，有的质谱仪既可以和气相色谱相连，又可以和液相色谱相连，因此也不好归于某一类。在以上各类质谱仪中，数量最多，用途最广的是有机质谱仪。[编辑]生物质谱分析生物质谱分析（Biological mass spectrometry）是以质谱分析技术用于精确测量生物大分子，如蛋白质，核苷酸和糖类等的分子量，并提供分子结构信息。对存在于生命复杂体系中的微量或痕量小分子生物活性物质进行定性或定量分析。一般的方法有：电喷雾电离质谱，基质辅助激光解吸电离质谱，快原子轰击质谱，离子喷雾电离质谱，大气压电离质谱。
在电离、裂解、重排过程中有些离子处于亚稳态。例如，在离子源中生成质量为m1的离子，在进入质量分析器前的无场飞行时发生断裂，使其质量由m1变为m2，形成较低质量的离子。这类离子具有质量为m1离子的速度，进入质量分析器是具有m2的质量，在磁场作用下，离子运动的偏转半径大，它的表观质量m*=[m2]^2/m1，这类离子叫亚稳离子，m*形成的质谱峰叫亚稳离子峰，在质谱图上，m*峰不在m2处，而出现在比m2更低的m*处。
由于在无场区裂解的离子m*不能聚焦与一点，故在质谱图上m*峰弱而钝一般可能跨2~5个质量单位，并且m/z常常为非整数，所以m*峰不难识别。例如，在十六烷的质谱图中，有若干个亚稳离子峰，其m/z分别位于32.9、29.5、28.8、25.7、21.7处。m/z=29.5的m*，因41^2/57≈29.5，所以m*=29.5表示存在如下裂解机理:C4H9→C3H5 + CH4
m/z=57 m/z=41由此可见，根据m1和m2就可计算m*，并证实有m1→m2的裂解过程，这对解析一个复杂质谱图很有参考价值。
