解放初级级别较高，由公安部直属，派驻的所长级别为正局级，后来高级战犯释放后，降为正处级单位。中华人民共和国成立后，该监狱直属中央人民政府公安部（后来成为中华人民共和国公安部）管辖，改为“北京战犯管理所”。这里关押的100多名高级战犯共分为13个小组。其中邱行湘任第一组组长，组员有
杜聿明、宋希濂、康泽、王陵基、范汉杰、廖耀湘、陈林达、
溥仪等人。这里关押的原
国民党战犯还有黄维、陈长捷、
文强、沈醉、郑庭笈等人。起初功德林属公安部直辖。后来，一些高级战犯陆续获得特赦，功德林遂改由北京市公安局管辖，并成立了接济救护站，接济走失的呆傻人员，或来北京办事一时失去经济来源的人员，留他们暂住这里，并免费提供食宿，设法同他们的亲友取得联系，或由其亲友将其接走，或由政府派人将其送回家。