对于慢性肾盂肾炎的治疗，应采用综合措施。
（1）全身支持疗法。注意适当休息，增加营养，纠正贫血，静脉补充丙种球蛋白，中医中药调整等以促进全身情况的改善。每日需要保持足够液体的摄入。
（2）加强抗菌药物治疗。抗菌药物治疗对慢性肾盂肾炎有非常重要的意义。要达到彻底控制菌尿和反复发作的目的，应根据尿液细菌培养和抗生素的敏感试验结果，选用最有效和毒性小的抗生素，如复方磺胺甲唑、氨苄西林、呋喃妥因、头孢立新等。疗程目前尚未定论，但至少应用2～3周，有时需小剂量维持几个月以上。
治疗期间，需反复检查尿液中的白细胞和细菌培养。如治疗无效，或虽当时见效但复发频繁，并经过两次积极治疗仍不成功者，宜采用长疗程低剂量抑菌治疗。其目的是抑制细菌的生长繁殖，防止症状型尿路感染的急性发作。有些病例在抑菌治疗后肾功能改善。长疗程低剂量抑菌治疗的方法是：每晚在临睡前排尿后口服1次单剂量的抗生素，剂量一般是每天剂量的1/3～1/2，治疗1周后复查尿培养，以后每月复查一次。长疗程抑菌法可用1年或更长的时间。
有的学者认为，将抗菌药定期交替使用，对防止耐药性有好处。
（3）纠正尿路的复杂因素。在慢性肾盂肾炎患者中，有膀胱输尿管反流者占相当比例，对于有严重反流的小儿应尽早手术治疗，至于成年人膀胱尿管反流是否应行手术治疗，目前仍有争论。一般认为：50岁以下且伴有尿路症状者，宜选择外科治疗。对于有尿路梗阻者，如尿路结石、先天性尿路畸形、包茎、输尿管结核、前列腺肥大等也应尽早处理。
（4）对症治疗。控制和清除体内感染病灶，如前列腺炎、慢性妇科炎症等，对肾功能不全者要适当处理。注意维持体内水、电解质和酸碱平衡。高血压者要降压。
慢性肾盂肾炎大都是耐药细菌（如普通变性杆菌、绿脓杆菌、克雷伯杆菌）引起的感染，且多为复杂性尿路感染，故临床疗效不理想。