个体工商户代发工资，工资超过起征线，也是需要缴纳个人所得税的，工资、薪金所得无论以书面方式发放，都应按照法律规定缴纳个人所得税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
扩展资料：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条 个人所得税法规定的各项个人所得的范围：
（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
（二）劳务报酬所得，是指个人从事劳务取得的所得，包括从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经纪服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。
（三）稿酬所得，是指个人因其作品以图书、报刊等形式出版、发表而取得的所得。
（四）特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得；提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。
参考资料来源：百度百科——中华人民共和国个人所得税法
代发工资需要交税吗？虽然代发工资是第三方负责操作的，但是税务问题第三方是不负责的，还是需要个人缴纳一定的所得税，代发工资是不会带扣税的，个税是由发工资的企业自行缴纳的，代发工资的明细是非常清楚的，税务局也可以根据这个明细，来检查企业的个税缴纳情况，如果是存在偷税漏税的情况，那么就可很容易的能从明细清单中产核查出来。
因此对于代发工资需要交税吗这个问题，准确答案是需要缴纳的，而收取的方式也是根据工资的情况来收取一定的个人税，但是这和代发公司是没有直接关系的，个人税是需要企业缴纳，或者是企业从员工工资中自行扣除，第三方所获得的工资分配明细已经是缴税后的明细了。本回答被网友采纳
个体工商户代发工资，要代扣代缴个人所得税。
个人所得税代扣代缴暂行办法
第二条
凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。
上款所说的驻华机构，不包括外国驻华使领馆和联合国及其他依法享有外交特权和豁免的国际组织驻华机构。
第四条
扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
（三）劳务报酬所得；
（四）稿酬所得；
（五）特许权使用费所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得；
（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。