一、朱棣毕竟是篡位，朝廷内有强烈的反对声。
当年，燕王朱棣造反之时，齐泰、黄子澄、盛庸、铁铉等文臣武将一片反对之声，黄齐虽书生误国，但对正统皇帝朱允炆忠诚无限，到朱棣登基之时，铁铉被执，割耳鼻后煮熟，塞入其口。朱棣问：甘否？铁铉答：忠臣孝子之肉，有何不甘？！凌迟，杀其子。黄子澄、齐泰灭三族。练子宁，凌迟，灭族。陈迪，凌迟，杀其子。铁铉妻、女，方孝孺女，齐泰妻，黄子澄妹没入教坊司为妓女。黄观，明朝两个连中三元者，作为右侍中奉令外出募兵，在京城南京，即将不保时，他仍然坚持回京，当他走到安庆时，得知朱棣已经登基，他哀叹痛哭：我妻子是有气节的，她已殉国了，黄观为妻子招魂、祭奠后，顺江到罗刹矶，正服向东而拜，投江自尽。他的妻子已带两个女儿、十个亲属在淮清桥投江而死。与齐泰同在广德募兵的翰林修撰黄岩、王叔英见齐泰被抓，也双双自尽。
二、尤其是方孝孺不惜被灭十族，仍不肯替他起草诏书，极大地刺激了朱棣的神经。
朱棣登基后，在大殿接见方孝孺，希望天下大孺方学士起草诏书来安抚天下人心。方孝孺应召而来，和朱棣理论了一通。朱棣斗嘴皮子远没有杀伐利索，最终让人拿出纸笔逼其就范。方孝孺不写，再逼，老方写下“燕贼篡位"四字，这回朱棣愤怒之至，威胁到：你不写，不怕我灭你九族吗？方孝孺对曰：诛我十族又如何？！最终，方孝孺被凌迟，连朋友一族也被灭了！
三、朱棣如再让天下人知道是朱和尚庶子，名不正言不顺，他更担心难以服天下臣民之心。
明史《黄子澄传》中载：子澄曰：周王，燕王之母弟。《永乐实录》也有一样记载。《太祖成穆孙贵妃传》载：洪武七年九月薨，年三十有二。帝以妃无子，命周王肃行慈母服三年。庶子为生母服三年，众子为庶母期，自妃始。"告诉我们：周王是庶子。进而推知：燕王朱棣也是庶子。据《国史异考》《三垣笔记》记载过：《南京太常寺志》中写明，朱棣母石贡妃，明孝陵神位左一位李淑妃，生太子朱标、秦王、晋王，右一位石贡妃，生朱棣。钱谦益曾在1945年元旦谒陵，亲眼看到孝陵中神位摆布如上述。他假托是马皇后的儿子，作为嫡子，在太子朱标死了后，接位就有更大的合法性。《永乐实录》载：高皇后生五子，长懿文太子标…次上朱棣，次周王肃。