我8月入职的时候跟公司约定出差有1000的补助,有工资卡和工资条为证,合同是离职的时候补签的上面也写清楚了的(入职就开始一直出差在外)!当时还约定2个月回家一次,可时间到了却不让回来,所以我10月底离职,提前3天通知了公司(说试用期3个月),回来后直到11底才去公司办的离职,但公司直到12月才发了10月的工资且把1000元的补助扣了(没说原因),请问这样合法吗?我能申请仲裁吗?