保密局的外勤站，先后设立的有北平站、河北站（设在保定）、天津站（分为两站：一站搞一般情报，二站搞外事情报）、山西站、山东站、青岛站、河南站、陕西站、甘肃站、新疆站、拉萨站、云南站、贵州站、川西站（蓉站）、重庆站、康定站、湖北站、鄂北站、湖南站、江西站、安徽站、南京站、上海站、苏南站、苏北站、浙江站、福建站、台湾站、广东站、广西站、承德站、沈阳站、长春站、察哈尔站、绥远站、河西站、宁波站、琼州站、香港站、
南朝鲜站、
西贡站、新加坡站、曼谷站、开罗站、卡拉奇站、菲律宾站等等。
国防部保密局的前身是国民政府军事委员会调查统计局（简称：军统），1946年6月，军统的公开武装特务部分划归国防部第二厅，秘密核心部分改组为国防部保密局，是
中国国民党设立的特务组织。1938年8月成立。前身是军事委员会密查组（1927年建）、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处（1937年建）。主要负责人为
戴笠。特工人员最多时近5万名，分布到国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行活动。军统局在许多地方设有集中营、秘密监狱和看守所，囚禁和迫害共产党人、进步人士和革命学生。1943年军统和
美国海军参谋部情报署合作，共同组成中美特种技术合作所。
抗日战争期间，军统也从事一些搜集敌方情报并对敌施行恐怖活动，因此，对打击日本侵略者及汉奸起到了积极的作用。1946年军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部第二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，
毛人凤为局长。1949年，军统主要机构撤至台湾。