DNA电泳一般使用的都是琼脂糖凝胶电泳,电泳的驱动力靠DNA骨架本身的负电荷. 蛋白质电泳（一般指SDS-PAGE）一般使用的都是
聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳的驱动力靠与蛋白质结合的SDS上所携带的负电荷. 所以相同点就是样品都是带负电荷的,从负极向正极移动,移动的距离都和样品的分子量有关.而且这两个电泳体系可以互相交换使用.进行大分子蛋白质电泳时,可以考虑换用琼脂糖凝胶,因为该体系孔径大.相反,如果需要精确到各位数
碱基的DNA电泳也可以使用聚丙烯酰胺凝胶系统,因为使用该系统可以将相差一个碱基的两条DNA链分开. 不同点首先是样品不同.这个就不用多说了.其次是结果的观察方法不同.DNA电泳普遍使用EB做染料,在
紫外灯下观察；而蛋白电泳使用的考马斯亮蓝染色,还需要经过脱色步骤,不过观察起来比较简单.还有就是胶体系的差别,DNA电泳通常是一胶跑到底,而蛋白质电泳则会有分离胶和浓缩胶之区别. 电泳中样品移动的本质确实是样品所携带的电荷.但是,区分这些条带直接可以用分子量而无需使用电荷数,是因为这些样品的电荷/分子
量比都是恒定的了.以
DNA分子为例,它在电泳中的移动是靠其骨架中磷酸所携带的负电荷来实现的,而这个磷酸分子又是每一个
核苷酸中都有的,所以DNA分子所携带的负电荷数是由其核苷酸总数决定的.而且,DNA分子中核苷酸的组成动辄成百上千,在如此大的分子量面前,讨论单个核苷酸之间分子量的差别就显得毫无意义.这样,DNA分子中负电荷的量就可以用DNA的分子量来代替,反过来,DNA的分子量也就可以用DNA分子所携带的电荷来代替（一句话,DNA分子的电荷/分子量比是恒定的）. 这在蛋白电泳中（特别是SDS-PAGE中）是一样的.在SDS-PAGE中,SDS将蛋白质变性成直线分子并紧密包裹于其上,使得其所携带的电荷与蛋白分子量成了一定的比例,剩下的就和核酸电泳一样了.