社保基数和公积金基数理论上应当是一样的，因为他们都是要按照上年度职工工资总额除以12个月，得出平均的缴费数额。
工资总额的规定应当是按照1990年统计部门的有关文件要求进行明确的。
而上下限的问题，多数地区都采用社保部门的60%到300%。但住房公积金部门有的地方也比较特殊会选择最低工资，或者另外的一些形式。比如青岛市住房公积金，最低交费基数达到了1667元，而当年的最低工资标准是1810元。
其实通过这一个就可以明确公积金基数和社保基数可以两个数值，因为下限不一样。
实际操作中由于住房公积金和社保部门没有联网，独立运作。虽然会浪费单位人事的重复劳动，但是又给了单位很多自主权，比如公积金交费比例从5%到12%灵活选择。
因此会出现住房公积金缴存基数和社保基数普遍不一样的问题。
而且近年来国家开始允许灵活就业人员在交纳社保费的基础上缴纳住房公积金。而且缴费比例又是灵活选择，不一样的情况也越来越多。所以也就见怪不怪了。
不过大家要注意，没有按照工资总额申报住房公积金基数和社保缴费基数都是违法行为，一旦被举报查处都是要承担相应责任的。
但是执法部门不一样，公积金是公积金管理中心，社保是社保稽核科或者劳动监察大队。
一般来说除了灵活就业人员之外，其他人都没有灵活选择缴费基数的权力，按照国家规定交费的好。