第十六条 八六三计划经费开支范围必须与其预算口径相一致。课题责任人和课题依托单位必须严格执行批准的课题预算，不得超出课题预算范围开支费用。
第十七条 八六三计划经费不得用于支付各种罚款、捐款、赞助、投资等项支出，不得列入国家规定禁止列入的其他支出。
第十八条 依托单位应当以课题(子课题)为对象，对所依托的课题(子课题)进行单独的成本核算，未经批准不得分立或变更核算对象。对跨年度的课题，应当保持其核算对象、核算口径的连续一致，发生重大调整时应当在提交的课题执行情况报告中加以详细说明。
第十九条 实行成本补偿式资助的课题要编报课题研究经费年度决算。课题成本以会计年度为计算期，核算当年的实际成本。财政年度终了，用款单位必须按照规定要求编报课题年度决算报表，在年度终了1个月内上报归口部门，由归口部门审核汇总后报财政部审批。
对自课题研究经费下达之日起至年度终了不满3个月的成本补偿式资助课题，当年不编报决算，其当年经费的使用情况在下一年度的决算中编报。
实行定额补助式资助的课题只在结题时编报课题研究经费总决算，不编报年度决算。
第二十条 课题结束后，课题责任人应当会同课题依托单位财务部门抓紧清理账目，核实拨款与支出数。正确计算课题实际成本，不得以估计成本、计划成本代替实际成本。
第二十一条 课题的技术成果验收应当与其财务决算验收、固定资产验收同时进行。课题验收时除提供技术成果报告外，应当同时提交其财务决算报告草案及固定资产验收清单，并对收尾经费加以说明。课题验收委员会成员中应当包括财务专家，并视课题不同情况确定财务专家人数。
对于资助总金额在1000万元以上的成本补偿式课题在中期评估和验收时应当分别提交会计师事务所对课题经费使用情况的审计报告。
课题决算报告草案由课题责任人会同课题依托单位财务部门共同编制。课题通过验收后1个月内，课题责任人及课题依托单位财务部门应当将最终的课题财务决算报告以课题为单位上报归口部门。
