相同点是都加强了皇权。
不同点：三公九卿制的三公为丞相、太尉、御史大夫。九卿为奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府，分别掌管不同事务。三公和九卿以及列卿等，都各有自己的府寺，以处理日常事务。大事总汇于丞相，或最后请皇帝裁决。这在一定程度上加强了相权，削弱了皇权。
三省六部制使封建官僚机构形成完整严密的体系，提高了行政效率，加强了中央的统治力量。使宰相的权力——分为三，三省长官的品级又较低，这就削弱了相权，加强了皇权。三省六部制的设立，三分相权，有利解决皇权与相权的矛盾，加强了皇权；同时扩大了议政人员的名额，收到了集思广益的效果。
三公九卿制影响着三省六部制的结构，中国古代官制也一直是皇权与相权的争夺，一直到明朝朱元璋废三省，六部直接受皇帝领导，才达到皇权的高度统一。
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