硝化细菌 ( nitrifying ) 是一种好氧性细菌，包括亚硝化菌和硝化菌。生活在有氧的水中、滤材或砂层中，在氮循环水质净化过程中扮演着很重要的角色。
它分解对鱼有害的氨（俗称阿摩尼亚），变成无害的硝酸盐（NO3）；而这硝酸盐几乎是无毒的，但突然或长期暴露在高浓度的硝酸盐里是有害的。但幸运地，硝酸盐的浓度是可以靠更换鱼缸的水来降低。
注意：
1. 硝化菌并不能分解鱼排泄物
2. 硝化菌并不能分解水中的硫化氢(H2S), 反而会被水中的硫化氢毒害死亡
3. 硝化菌是没有味道的, 就算死后也只会有微弱的臭味
4. 硝化菌无法将氨(NH3)直接氧化为硝酸盐(NO3)
5. 硝化菌只是一个统称, 其中主要有亚硝酸菌和硝酸菌；亚硝酸菌能将氨(NH3)氧化为亚硝酸盐(NO2)，而硝酸菌能将亚硝酸盐氧化为硝酸盐(NO3)
6. 硝化菌要先将氨(NH3)氧化为亚硝酸盐(NO2)，然后再将为亚硝酸盐(NO2)氧化为硝酸盐(NO3)
7. 硝化菌的生长需要氧气
8. 二氧化碳不但对硝化菌无害，而且硝化菌需要靠二氧化碳来繁殖和生存
9. 硝化菌是无所不在的
10. 硝化菌在鱼缸的生长是缓慢的，靠自生方式来建构硝化系统的话，通常需要一个月或以上
11. 硝化菌并不需光照生长，反而有避光生长的现象
12. 硝化菌并不能改善水质白浊的问题，而且一丁点的关系都没有
13. 硝化菌非常难保存，市面所卖的硝化菌绝大多数都是鱼目混珠的，大家选购的时候还是尽量选购大品牌的
14. 硝化菌在裸缸中所发挥的作用比草缸大，因为大部份水草能代替硝化菌的作用
参考资料：http://baike.baidu.com/view/145730.htm