1.引爆摩天楼
某日，经营医院的黑川宅主人黑川大造遭人殴打致死，而这起案件也在（被柯南麻醉的）小五郎的活跃之下顺利解决了。数日后，柯南收到著名建筑师森谷帝二寄给工藤新一的邀请函，于是柯南与作为代理人的小五郎一同出席。在那里，柯南得知了之前发生杀人事件的黑川宅是出自森谷的设计。
次日，存放在火药库的炸药被盗，而森谷所设计的建筑物也陆续被纵火焚毁。犯人利用变声器给新一打电话，作出了犯罪的预告。为了阻止爆炸，柯南开始出动……
2.第十四个目标
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，而旁边发现了一把奇怪的刀。就在第二天，小兰的母亲—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务所里。紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤……三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮捕。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的妃英理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过妃英理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了……
3.世纪末的魔术师
俄罗曼诺夫王朝的皇室秘宝——复活节之卵，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出犯案预告信准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而基德窃听到彩蛋被转移了，在疏于防备的情况下，基德成功地找到了回忆彩蛋。然而基德在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和基德相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是专门狙击右眼的职业杀手“史考兵”。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑……
4.瞳孔中的暗杀者
连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。而警视厅的内部秘密却如高墙般不可窥探！
柯南与小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：“Need not to know〔无须知道〕……”这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关！
小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤警官为保护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不着痕迹地脱逃了。这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却误认为找到真凶而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……
5.通往天国的倒计时
博士与少年侦探团一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高的双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了毛利父女和铃木园子前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……？
柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀究竟在给谁打电话？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战…… ，而哀也相当活跃，凶手也令众人震惊不已，原因更是出乎别人意料，杀人手法也是别具一格，Gin，Vodka等人也会出现，爆炸场面惊心动魄，可以说是剧场版的一个巅峰。
6.贝克街的亡灵
米花市政大楼正在举行能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“茧”的发表会。结合了最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了“茧”。另一方面，“茧”的研发者兼负责人——坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚方舟”的人工智慧闯入“茧”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。”一场失控的游戏开始了！
工藤新一的父亲，世界名推理作家─工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修“茧”游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在“茧”所设定重现的19世纪伦敦贝克街221号B，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。
一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
7.迷宫的十字路口
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向破解的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定联手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……
8.银翼的魔术师
一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！
当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起。这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟夫王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？
飞机上的危险一个接着一个，柯南他们究竟如何脱险？
9.水平线上的阴谋
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外——游轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘游轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面——当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊。
10.侦探们的镇魂歌
在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。
“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤”
这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……
就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？
11.绀碧之棺
在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolly Roger”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。
12.战栗的乐谱
日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。
可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑的事件。
而在音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭,飘流在河流中,兰等人所在的音乐会场，突然发生了大爆炸。众人被包围在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了准确的音调,顺利向警察求助,柯南等人在音乐会场外心急如焚,音乐会场内的所有人却因为音乐馆的隔音效果不知道任何危险的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最后，进入了音乐会场的柯南找出了凶手，柯南和会场内的所有人命悬一线。千钧一发之际，灰原用元太的竖笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是狙击（shoot)，佐藤从另一个地方开枪，凶手手中的遥控器掉落,被高木抓获。调音师说出了杀人的理由，和钢琴家解除了误会。
等小兰他们要走时，发现柯南不见了。喷泉处传来一阵小提琴的声音，小兰听出是新一在演奏，便追了过去。结果却看到柯南拿着小提琴，说新一已经走了。故事在美丽的乐曲与月光下的兰和柯南中结束。
13.漆黑的追踪者
故事的开始，柯南身份被Gin（琴酒）和Vodka(伏特加）识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。
小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……
警视厅的松本警视、静冈的横沟警部（哥哥），神奈川的横沟警部（弟弟），群马的山村警部、长野的大和警部，埼玉的荻野警部（是个有着危险气息的新人物）、京都的绫小路警部，长野的上原刑事。
当然还有永远都少不了的，东京的目暮警部、白鸟、佐藤、高木跟千叶。
需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在。侦破会后，山村随口唱着《七つの子》（七个孩子），原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A（琴酒的爱车）。
柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手Vermouth（苦艾酒）。后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩德假扮的，营救之后找她问事情原由。原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单(存在一张SD卡中)。
柯南看到Vermouth也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？
而这时一个神秘的黑衣组织成员Irish，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出“柯南=新一”的结论。（通过黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比）
之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当Chianti(基安蒂）的枪瞄准高木说了句“郎才”，而korn（科恩）的枪瞄准佐藤说了句“女貌”，两人同时射击时，把车轱辘打爆了（延迟警察到现场的时间）。佐藤也感觉出那是狙击，跟高木说了，可是单纯的高木说她应该是多心了。佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细。
佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。
故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案凶手会出现在东京塔，赶去遇到凶手、又遇到假扮警察的Irish，对方已拿到卡片。
就在柯南遭遇危险时小兰出现了，她想起新一说的话成功躲避了子弹，但因为被Irish半垂下来的面具吓到，最终被打倒了。柯南为了保护小兰引Irish来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是Irish不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个Irish当做父亲般尊敬的pisco（匹斯克）。所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~就在他要擒住柯南的时候，Gin等人乘直升机赶来，求证Irish已经拿到名单。可是就在Irish拿出名单的SD卡，在琴酒要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救Irish，这时Irish明白了Vermouth为何要掩护柯南，临死前鼓励柯南。Gin抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，但柯南仅仅只是左胳膊被玻璃碎片打中一下。而Gin还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（改进版的绳索吊带，可伸缩100米……），不但脱险，还打中了Gin的飞机，使机尾着火最后坠毁（是把被机关枪射落的射灯，用伸缩吊带弹射出去，打中直升飞机尾部）。
众多警察赶到，营救成功！
看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的Vermouth不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”
后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……的追踪者
14.天空的遇难船
活跃于全世界，全天下的宝石怪盗基德，激起了大富豪铃木次郎吉与他对决的执着，因而对基德提出挑战书:具有“天空的贵妇人”美名之称的宝石就放在世界最大的飞行船「铃木号」中，能偷的话就来偷偷看，限制时间为东京到大阪6小时飞程。小五郎、小兰以及少年侦探团也获邀次郎吉的招待搭乘此次飞行。能偷得到吗？能抓得到吗？就在以广阔的天空为舞台进行心理战的同时，神秘的恐怖分子[冒用红色暹罗猫。]，袭击飞行船！到底挟劫的目的为何？基德与柯南间的对决又将会如何？小兰也感染了细菌吗？基德和小兰真的如大家所想的那样接吻了吗？
15.沉默的15分钟
仓朝都知事也受到了一封来路不明的恐吓信。并在第二天知事参加的京都线首航中在隧道里被犯人所安置的炸弹险些丧命。对此事怀疑不已的柯南等人便前往了于知事关系密切的北泽村参加冰雪节，并调查事件。在此期间，她们偶遇了五位北泽村的旧村民。他们时隔八年的再见，却带来了一场灾难。第二天当众人由瑞树小姐的带领下徒步游览泽尻湖时，竟意外发现了五人中冰泽的尸体。一直因八年前事故昏迷的东马也突然醒来了。犯人行动了... 他切断了全村的电话通号线，其次又在大坝上安装了炸弹。柯南却在冰泽的衣服里找到了线索。同时步美等人正带着东马去八年前的现场，试图帮他恢复记忆，却不料险些被杀。幸好柯南和灰原及时赶到。大家躲进了山洞，并赶到大坝阻止五人中的凶手山尾炸毁大坝。而当他们赶到时，一切已晚。坝上的工作人员去参加庆典了，两个值班也早就被山尾的电击器击晕。而那边武藤被击晕。正在柯南疑惑之时，山尾却在他后面...到了大坝，山尾正打算解决他，被及时赶到的瑞树用狙击枪击中。柯南用麻醉枪及时让他睡去。正当大家准备离开时，柯南突然发现刚刚瑞树和山尾纠缠的时候，竟启动了炸弹！大家迅速的撤离了，而柯南却被困大坝。眼看洪水即将淹没小镇。柯南用滑到了小镇前面的滑雪场，制造雪崩，改变洪水的前进方向和力度。却也因此被埋没在雪堆中。众人拼劲全力，终于在第14分钟的时候唤醒了沉睡在雪里的柯南。他用足球告诉了大家他的方位，让他得以生还。
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