外源基因在原核宿主内表达不能含有内含子，所以不能用基因组DNA，需要利用原核基因的强启动子和S-D序列（顺势作用原件），导入后要形成正确的阅读框架，涉及到的顺势作用原件：启动子，S-D序列，终止子，衰减子等。
真核基因在原核基因内表达有四大困难：1，因为缺乏转录后加工机制，只能表达克隆的cDNA，不能表达真核基因组DNA。2，缺乏适当的翻译后加工机制，所表达的蛋白质不能形成适当的折叠或进行糖基化修饰。3，表达的蛋白常形成不溶性的包涵体，分离纯化时需要进行复杂的复性处理，方可得到有活性的蛋白质。4，很难表达大量的可溶性蛋白。
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