枸杞子的病虫害主要有白粉病和枸杞木虱、枸杞瘿螨、枸杞蚜虫等。对高效节能型日光温室枸杞的病虫害，必须做到以防为主。
1、在扦插时，应选用健壮、无病虫害的母株，并对母株和扦插条有针对性地进行喷药，杀灭木虱、瘿螨或蚜虫。
2、扦插育苗期间要注意病虫害防治。如在露地扦插育苗，定植前要进行一次喷药；如在保护地内扦插育苗，则应尽量保持无病、无虫环境。
3、定植时要注意同一栋温室内不要混种其他蔬菜。定植前和越夏前(最后一次收获后)要对栽培环境进行清理，清除杂草和落叶，并用百菌清和敌敌畏烟剂进行熏蒸消毒，每667m 用量22％ 敌敌畏烟剂约500g、45％ 百菌清烟剂约250g。
4、扦插苗定植后，应在温室放风口覆盖防虫网，并尽量保持温室内适宜的温湿度，严格控制病虫害的发生。在枸杞收获期间，尽量不使用或少使用农药，不得已使用时应在采收前1星期进行。白粉病可在发芽前和展叶后用0．5波美度(相当于相对密度1．003)的石硫合剂进行喷布，每7～l0天喷一次，以利预防。枸杞木虱可用50％ 乐果500倍液防治；枸杞瘿螨可用0．5波美度石硫合防治；枸杞蚜虫可用20％乐果乳剂2 000倍液进行防治。此外，如有茶黄螨、红蜘蛛发生，前者必须及时使用20％三氯杀螨醇乳油或35％杀满特1 000倍液防治；红蜘蛛可用40％ 乐果乳剂1 500倍液防治。