蘑菇菌种生产依据菌种的容器、培养基的基质、生产的场所的不同分为两个不同的生产环节：一是以试管为容器，以PDA或PSA为基质，通常在实验室生产的一级种，二是以菌瓶（菌袋）为容器，以木屑、麸皮为基质，通常在菌种生产车间生产的二级种（原种）、三级种（栽培种）。接种环节关系到菌瓶和菌袋的成品率，也直接影响生产的经济效益。接种常用的场所和设备是接种室、接种箱或超净操作台。
（1）接种箱 又名无菌操作箱，主要用于菌种分离和菌种繁殖的无菌操作。箱体多采用木材框架，四周木板或五合板镶密，正面镶玻璃，形成具有密封性的梯形箱体，便于药物灭菌，防止接种时杂菌侵入。接种箱的左顶部和右底部对角线分别开两个直径4～5厘米的圆形洞口，用10～12层纱布过滤空气，接种时酒精灯能正常燃烧，正面开两个10～12厘米的圆形洞口，装上布袖套，便于双手伸入箱内进行操作。箱顶安装1盏紫外线灭菌灯，箱内可用空间消毒剂熏蒸消毒（接种箱结构如图5，接种工具如图6）。
图5 接种箱结构（单位：厘米）
图6 接种工具
（2）接种室 这是菌种厂无菌区的核心部分，也是安装接种设备的专用无菌操作室。标准的接种室要求每间房间不宜过大，一般长4米，宽3米，高2.5米，墙壁四周上部石灰粉刷、油漆至离地面1.5米高度，地面要平整光滑，拉门装置，门窗关闭后能与外界隔离。室内有接种用的超净菌操作台、接菌箱及配套的器具。室内安装2盏30瓦紫外线灭菌灯和照明灯。接种室紧连面积约2米2的缓冲间，两间拉门不在一直线上，不能同时开门，使空气不能直达接种室。同样安装有1盏紫外线灭菌灯、照明灯和更衣柜（无菌室如图7）。
图7 无菌室布局
（3）超净工作台 超净工作台又称净化操作台，是一种利用过滤除菌的原理将空气经过工作台内的预过滤器及高效过滤器除尘过滤，洁净后以层流状态（平行流或垂直流）通过操作区，形成高洁净度的局部区域环境。由上部或前面狭缝中喷送出的高速气流所形成的空气幕，保护操作区不受外界空气的影响，呈无菌状态。净化台要求装置在清洁的房间内，并安装紫外线灯。操作方法简单，只要接通电源，按下通风键钮，同时开启紫外线灯约30分钟后关闭紫外线灯即可接种。