卢旺达属温带和热带高原气候，由于海拔较高，其气温比典型的赤道国家要低。位于该国中部的基加利日常温度一般在12至27°C之间，全年波动幅度较小。全国范围内也有一些地方温差较大，多山的西部和北部比东部低洼地区的气温要低。卢旺达每年有两个雨季，每一个从2月持续到6月，第二个从9月到10月;同时也有两个旱季，其中6到9月这个持续时间较长，经常完全没有降水，另一个则是从12月持续到次年2月，相对来说情况不及前一个那么严重。降雨量因地域而不同，每年西部和西北部降水较东部和东南部为多。不过，雨季模式已因气候变化而出现变动。战略前瞻组织的一份报告中称，每年阴雨天数有时会变少，但短时间内的降雨量更大。