内窥镜根据其应用领域的不同，主要可以分为工业用内窥镜和医用内窥镜两大类。
工业内窥镜的种类繁多，按成像形式区分，主要有光学内窥镜、光纤内窥镜、电子内窥镜，如CCD和CMOS视频内窥镜。另外，还有根据光源种类划分的高频荧光灯内窥镜、光纤卤素灯内窥镜以及LED内窥镜。
医用内窥镜则按照发展和构造分为三大类：硬管式内镜，光学纤维(软管式)内镜，以及电子内窥镜。它们在医疗检查中各具特色，区分标准通常依据是否能改变方向，分为硬质镜和弹性软镜。硬质镜，如RIGID ENDOSCOPE，以其棱镜光学系统和清晰的成像效果而著称，可以配备多个工作通道和视角；而弹性软镜，如FLEXIBLE ENDOSCOPE，采用光导纤维系统，允许操作者灵活操纵镜头方向，扩展了其使用范围，但成像效果相对硬质镜有所下降。
从功能角度，内窥镜还可分为单功能镜和多功能镜。单功能镜专用于观察，无工作通道；多功能镜则集观察和多种工作功能于一体，如照明、手术、冲洗及吸引等。此外，根据内窥镜的应用部位，有耳鼻喉内窥镜、口腔内窥镜、牙科内窥镜、神经镜、尿道膀胱镜等，以满足不同器官的检查需求。
内窥镜是一个配备有灯光的管子，它可以经口腔进入胃内或经其他天然孔道进入体内。利用内窥镜可以看到X射线不能显示的病变，因此它对医生非常有用。例如，借助内窥镜医生可以观察胃内的溃疡或肿瘤，据此制定出最佳的治疗方案。