清朝八旗旗主的姓氏都是爱新觉罗。八旗分为上三旗和下五旗。上三旗（正黄、镶黄、正白）各旗旗主均由皇帝兼任；下五旗各旗旗主为汗王子孙。因此，八旗旗主都是清朝皇室或汗王子弟，都姓爱新觉罗。
明万历二十九年（1601年），努尔哈赤整顿编制，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗，编成四旗。
万历四十三年（1615年）增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗之制确立。满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力。
当时各旗的旗主分别是：正黄旗主和镶黄旗主爱新觉罗·努尔哈赤、正红旗主和镶红旗主爱新觉罗·代善、正白旗主爱新觉罗·皇太极、镶白旗主爱新觉罗·杜度、正蓝旗主爱新觉罗·莽古尔泰、镶蓝旗主爱新觉罗·阿敏。八旗建立自此始，亦即为满洲八旗的源起。因此清朝八旗旗主的姓氏都是爱新觉罗。
入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王（皇帝）直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。顺治八年（1651年）多尔衮死，顺治帝亲政，收多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领，于是形成了上三旗与下五旗。
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八旗制度的历史作用
八旗制度从正式建立到1911年辛亥革命后清王朝覆灭，共存在 296 年。它是清王朝统治全国的重要军事支柱，曾为发展和巩固中国多民族统一的国家、为保卫边疆防止外来侵略等都作出了重要贡献，对满族社会的发展，更起到不可磨灭的作用。
随着历史的嬗变，八旗制度中落后的一面也日益明显，严重地束缚了满族人民的发展，在征战中的作用也愈来愈小。八旗制度与清王朝的命运紧密地联系在一起，经历了由盛而衰，由衰而亡的整个历史过程。
清八旗中，各旗的姓氏是佟（佟佳氏），关（瓜尔佳氏），马（马佳氏），索（索绰罗氏），赫（赫舍里氏），富（富察氏），那（那拉氏），郎（钮祜禄氏）八姓，俗呼"满洲八大姓"。
现今俗称谓八大姓的满族著姓姓氏，是自清代中期以后而冠用和改用的汉字姓。而历史上，满洲是女真人的直系后裔，是早期进入辽东地区的满族先世。
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历史演变
辽东满族八大姓氏的历史演变，是满族人民社会发展的必然结果。从金、元时期起，满族先世姓氏在历史不同时期的变化及宗族内部血缘集团产生的裂变而出现的新的姓氏上看，满族及其先世在姓氏上的演变过程错综复杂。
早在金、元时期，清皇室的先世一直为夹谷姓，汉译佟姓，而至明末却冠用了爱新觉罗这一姓氏。马佳氏的先世由甫亦莫氏改称费莫氏，此后又以地为氏冠用马佳为姓。从而使部分姓氏的出现，发生了随意不规范化趋势。
在女真人以地为氏的命姓中，尚有部分满族宗族，由于受中原汉文化的影响，将本支的姓氏从满语中汉译过来，加以沿用。这类汉译的姓氏，早在金代即已出现，并一直发展着。由金代女真姓氏中译成的仝姓，古里甲译成的汪姓，裴满姓译成的麻姓，纥石烈姓译成的高姓，蒲察姓译成的李姓，都证实了这一点。
参考资料来源：百度百科—满洲八大姓
本回答被网友采纳努尔哈赤生前的八旗旗主
正黄(45牛录)和镶黄(20牛录):努尔哈赤
正白旗(25牛录): 皇太极
镶白旗(15牛录):诸英之子杜度
正红旗(25牛录):代善
镶红旗(26牛录);代善长子岳托
正蓝旗(21牛录):莽古尔泰
镶蓝旗(33牛录):阿敏本回答被提问者采纳