首先，二者关系是辩证的。
科学发展观不仅强调以人为本，还强调协调、稳定、可持续，这实际上意味着合理统筹资源、高效发展。
十六大以来，围绕科学发展观，已经提出了“五个统筹”的发展手段和“构建和谐社会”的理念，统筹经济建设和环境保护的关系已成为官场新规则。中央最近在保持共产党员先进性教育中，更是具体提出了和谐社会六方面的要求，其中不仅有“人与自然的和谐相处”，也有保持社会的安定团结。这实际上是把以人为本的科学发展观细化了。以这些最新指示为精神，可以看出在新时期经济建设与环境保护的关系已经发生了质变。这种质变从以下两个方面体现出来：
一、将环境容量资源视为经济发展的要素，以资源生产率来衡量环境保护的程度和方式。
和谐意味着高效地、协调地配置各种资源，而
资源配置是经济学的核心问题。资源配置的合理性体现在配置是否均衡上。所谓资源配置的均衡在经济学上本来是指：各项
经济活动中边际要素投入所得到的
边际收益相等的状态，也就是说将有限的稀缺资源按边际投入所产生的边际收益相等的原则分配到各项经济产业活动中去，这时整个经济产业活动的资源配置所得的收益最大，经济活动处于卡尔多最优状态。
在科学发展观下，人的需要既是分层次的也是多样化的，环境质量与经济收入同样是人的福利。经济实力、资源储备、环境质量都成为构成人的福利的要素，都成为稀缺资源，一切人类必不可少的经济、社会以及资源与环境保护活动都成为创造稀缺资源的活动。这三项人类活动之间的资源配置格局同样应当满足边际投入与获得的
边际效益相等的原则。即在资源、环境、资金等稀缺资源间，只能以人的福利最大化为惟一标准来统筹。据此，必须认识到资源、环境固然是有限的，但用来治理污染的经济资源本身也是有限的。不能先验性地决定一个就比另一个更珍贵，哪个更珍贵取决于哪个的市场价值更高。正确的选择是把有限的经济资源用在效率最高的用途上。
如何才能有正确的选择呢？如果将环境容量资源作为与资金、自然资源并列为经济发展中不可或缺的稀缺资源的话，
保护环境就变成了一种追求经济增长质量与效益的“经济活动”，即通过计量各种稀缺资源的
投入产出比来决定经济活动的方式和强度。得不偿失的，当然要舍弃。从这个角度而言，环境保护与中央一再强调的“转变经济增长方式”是一致的。事实上，也只有从这个角度看环保，才可能真正统筹经济建设和环境保护的关系。当然，这其中就必然涉及到对环境容量资源的定价问题（目前的政策主要是通过建设项目
环境影响评价和区域环境规划来体现）。只有定得合适，才可能既保证经济增长也兼顾环境保护。如果经济发展水平很低，环境容量资源即便人为地定了高价，实践中也难以执行，必然出现说的一套、做的一套和用地方保护来对付环境保护。
除了这种资源配置上的一般考虑，在两种情况下，环境资源必须超过正常水平的定高价，才可能符合以人为本的科学发展观的要求。
一是必须注意到环境保护中的原则是：人的健康是第一位的，即人居环境资源必须按超常规的要求来定价。像
淮河污染，已经给两岸几千万人民的健康造成了严重的威胁，已经不能再用考虑各种资源配置效率最大化来衡量环境保护的重要程度了。另外，严重的工业污染在许多地方已经成为上访和
群体性事件的重要诱因，已经直接影响社会稳定。如果不注意对人居环境资源超过正常价格体系定高价，则不仅污染代价过大，而且必然会影响到安定团结；
二是必须注意到在环境保护中的规律是：污染是可以治理的，生态破坏后的恢复则常常是花了西瓜的钱买不来芝麻，而
生物多样性破坏往往覆水难收。所以，对重要的生态功能区和保护区也必须定高价，否则必然影响国家生态安全及可持续发展能力。
二、通过产业布局规划做到合理的面上污染、点上治理，是更适合国情国力的环境保护方式。
如果能够通过规划等手段对一、二、
三产的类型、规模、布局进行调整，一方面合理利用环境容量将污染较重的行业部署到环境容量较为富余的地方，一方面确保人居环境、生态功能区等重点，以尽可能减小发展的代价，则环境保护就可以达到“最适宜”程度。
基于此认识，正确的区域产业发展方式，应该是在对环境容量资源合理定价的基础上以投入产出比来判断发展污染产业的可行性以及具体的结构、规模、布局。污染只要是按照各类资源配置效率最大化统筹的、地方居民能够接受的，就是合理污染。如果环境污染的“糟得很”能换来全民福利“好得很”的结果，有时就是值得的。
正确的环境保护方式，就我国的一般情况而言，应该是在把现阶段必不可缺的重化工业布局在环境容量较为富余、可恢复性较强的地域的同时，将重点放在对人居环境和重点生态功能区上的治理和保护上，即合理的面上污染、点上治理。