经典分类、鉴定指标主要包括形态学指标，生理、生化反应指标，生态特性指标等。
在现代微生物分类中应用了一下几种新方法、新技术（有些是方法，有些是思路或技术）：
1、通过核酸分析鉴定微生物的遗传型；
（1）、DNA
碱基比例的测定。即：（G+C）mol%值。
（2）、核酸分子杂交法。
（3）、rRNA寡核苷酸编目分析。
（4）、对微生物全基因组序列进行测定。
2、细胞化学成分用作鉴定指标；
（1）、分析
细胞壁的化学成分；
（2）、分析全细胞水解液的糖型；
（3）、分析磷酸类脂成分；
（4）、分析枝菌酸；
（5）、分析醌类；
（6）、用气相色谱分析
3、数值分类法（又称统计分类法）。
每一方法或技术更详细的阐明可以在专业网站或书籍上查询。
参考资料：微生物学教程—周德庆