选择记忆棒中的你想要破解的游戏的原版ISO，将光标移动到该ISO上，按○出现如下图所示菜单。菜单按照从上到下的顺序依次是“打补丁、制作快捷方式、破解EBOOT、还原EBOOT、安装数据、游戏升级、创建游戏升级目录、重命名、转换成CSO”以及最后一项“删除”。
第一步我们一般从破解EBOOT开始，按○键确认，选择YES。此时提示你是否备份原版EBOOT文件。根据情况进行选择。
接下来提示你是否进行版本欺骗，如果你的系统是500 M33的话，这一步请选择YES。
然后问你是否可以开始破解，选择YES开始破解
下面软件就会自动破解游戏的EBOOT文件，出现“Finished”字样就完成EBOOT文件的破解！
破解完EBOOT文件之后，退出软件运行游戏，如出现8XXX字样的错误提示无法运行游戏，请继续打开ISO TOOL，因为部分游戏ISO还需要打上普罗米修斯补丁或者针对破解版出现问题ISO推出的特殊补丁，才能正常运行，所以还需要给该ISO打上普罗米修斯模块补丁，下面我们继续来破解ISO。
破解完EBOOT之后，在主菜单中选择Patch Prometheus选项
接下来会进入到选择补丁的界面，一般游戏的破解选择ME631，但是根据你的ISO选择对应的普罗米修斯补丁选择YES即可。
解密都完成之后，接下来就可以退出软件，开始运行游戏了。（注：必须是ISO TOOL所支持破解的游戏原版ISO才能顺利破解，如ISO TOOL目前无法破解的游戏，敬请期待新版的ISO TOOL更新）
参考资料：电玩巴士