你看到结局应该是内地剧场版的结局，此版结局较为符合中国国情，比较符合和谐社会的要求。在
《无间道》DVD中同时有两个版本的结局，可以选择观看。
另一个结局是香港剧场版的结局，大体内容一致。
刘建明并未给
陈永仁恢复身份（二人上天台，就是为了拿回各自想要的东西，其中阿仁要的就是一个身份），在天台上，大B射杀了阿仁，然后刘射杀了大B。
刘可以这样给警方解释（似乎也只能这样解释）：大B是
黑社会安插在警队的卧底，大B为了自己身份不被暴露杀阿仁灭口，于是刘只得开枪射杀了大B，为警队清理门户嘛。然后刘再假惺惺地给死去的阿仁恢复了身份，要知道，在此之前是他把阿仁的警队档案删除了。
所以该版本的结局时，刘以一个干净的警察身份参加了警方英雄陈永仁的葬礼，并给他行了一个礼。