哥白尼于1543年发表其著作
《天体运行论》标志著近代科学的诞生。笔者认为其中有二个主要现由。首先，
亚里士多德体系虽然自十四世纪经以来，遭到唯名论的彻底批判，仍能维持不倒，其主要原因之一就是其地心说与人们的常识符合。而只要其地心说一朝维持不倒，他的科学体系仍能维持。而哥白尼的
日心说则抽掉了亚氏体系这个赖以维持的根基。另外，哥白尼学说的所有长处都是从几何学推导而来。在当时的学术范式中，哲学第一优先，物理学次之，数学再次。因此，一旦哥白尼学说为人所接受，也就改变了这个学术上的优先次序，从而大大提高了数学在科学中的地位。
科学史家一般认为，哥白尼构想其学说的动机中，最为显著的就是他坚持认为一切行星轨道都是完美的园周，而且围绕这些园周的一切运动相对园心者是完全规则和均匀的。哥白尼这种对数字美的偏受是从“创造论传统”中的新
伯拉图主义、特别是其中的
毕达哥拉斯因素中继承而来的。
从理论上讲，哥白尼学中以对亚里士多德体系构成致命的打击。但从实践上说，要击垮亚氏体系，一方面需要等到
开普勒和伽利略等人的进一步发现，另一方面则需要等到笛卡耳与
牛顿的机械哲学来取代亚氏有机化或拟人化宇宙观。
十七世纪的
基督教创造论传统已分解为三个主要的子传统：属灵派、机械派和
柏拉图派，菜布尼兹、笛卡耳和牛顿分别为它们的代表人物。虽然属灵派在化学、数学等方面有重要作用，但机械派和柏拉图派占了主导地位。而且，最终还是机械派取得了压倒优势。下面只对笛卡耳和牛顿的自然哲学作简单介绍。
笛卡耳早期受沙勒兹（Francesco Suarez）的著作《形而上学争辩》（1599）影响至深。沙勒兹在这一著作中对自然法则作出一种新解释，提出自然法则不是神加于自然界的规则而是神加于其自身的规则。沙勒兹不认为非动物性受造物能够理解并服从神的法则，因此，自然法则必须由神自已来执行，运作于完全被动的物质之上。笛卡耳继承并发展了这种思想，从而成为基督教世界中提出一种可以取代亚里士多德自然哲学的哲学休系的第一人。这种哲学休系就是机械哲学。
笛卡耳将物质的被动性与神的不变和全能联系起来。物质不仅不能遵照神的法则而行动，而且，若无神持续的创造，物质甚至不能继续存在。从神学上说，笛卡耳的观点无异于说神起初的创造与神维持世界的工作没有本质区别。用哲学术语来说，笛卡耳的立场称为偶因论（Occasionalism）。
由于笛卡耳认为物质是完全被动的，因此不具有任何内在的性质。他认为物质的本质就是它的几何延伸性。因此物质是由具有确定大小、形状、速率的微粒所构成。对笛卡耳来说，物质与心灵（mind）是完全不同的。因为心灵不具有空间延伸性，而且是不可分割的。笛卡耳因而成为提出心灵一身体
二元论现代形式的第一人。当笛卡耳提出二元论时动量守恒尚末发现。因此，笛卡耳主张人的心灵通过自由选择，影响人体内某些微粒的运动方向（而非速率）。然而，人们不久便发现了动量守恒律，使笛卡耳的“心灵”无法作用于身体之上。从此，二元论向
机械唯物论约化之门便已打开。
由于物质的存在和行为完全取决于神，物理定律便成为神的本性的直接表示。对笛卡耳来说，神最重要的本性便是神的永恒性与不变性。由此可得出如下二个推论。首先，自然法则具有像神一样的永恒性与不变性。在科学家对自然法则的认识尚末深化到“物理量守恒定律”之前，人们将自然法则等同于自然秩序。于是，自然法则的不变性便等同于自然秩序的不变性。后者的直接推论之一便是：任何神迹都是不可能的。笛卡耳的哲学以后对基督信仰的伤害因此是不难想见的。
神的不变性对笛卡耳来说的第二个推论是宇宙的物质量和运动量守恒，其中，笛卡耳的运动量被定义为物质量与速率的乘积。笛卡耳将他的守恒原则表述为如下三个法则： 1、一物体将保持静止或运动状态，除非与另一物体发生碰撞；2、一物体将沿一直线运动，除非被迫作其他运动；3、当一物体与另一物体碰撞时，按照碰撞的七条特殊规则，将有运动从较强者转到较弱者。
笛卡耳的上述法则已具有相当现代的科学定律形式，不过他的运动量的定义应改为物质量为其速度（而不是速率）的乘积。从上面的讨论不难看到，现代科学中的“自然法则”的观念根本上是从基督教神学或创造传统中孕育出来的。然而，自十八世经经后，它逐渐世俗化而完全脱离了与神的任何联系。
牛顿属于柏拉图派，当时这个学派主要限于英国的
剑桥大学。牛顿的新物理学包括三个主要成份：一是物质的被动性，从笛卡耳、波义尔和摩尔（Henry More,1614-87）所继承；二是绝对空间，从盖胜底（Pierre Gassedi,1592-1655）,摩尔和巴努（Lssac Barrow） 所继承；三是普适性主动原理，从摩尔和巴努所继承。虽然所有这些成份都是继承了机械传统和柏拉图传统，但也离不开牛顿本人的数学技巧与物理体系。
在牛顿的自然哲学中，在神与物质之间扦入了绝对空间和
万有引力。对牛顿来说，空间是神存在的必然效应，它既不是一种质料，也不是一个关系。而万有引力对牛顿来说，并非物质的内蕴性质，而是相当于亚氏宇宙中的“最外层天球”。它既是一切物质运动的直接原因，又是联系自然与超自然的纽带。
综上所述，无论笛卡耳的机械哲学还是牛顿的自然哲学，创造论传统仍是显而易见的。换言之，在欧洲近代科学的世界观与方法论的重大革命背后，却有著创造论传统的连续性基础。科学的世界观和方法论虽然更新了，创造论的信仰并改变。创造论传统的超越性在此便清楚地表明出来。