出租车公司只给上了交强险出了事故叫司机承担40%的赔偿费用，是否合法要视情况确定，三者险属于商业险，不是合法交强险，不具有强制性，因此没有保三者险不违法。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
因此如果出租车公司对40%的赔偿费用按规定扣除，并且保证剩余工资部分不低于当地月最低工资标准，则不违法。
根据《工资支付暂行规定》
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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